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万見
- PDB-6en8: SaFadR in complex with dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6en8
タイトルSaFadR in complex with dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*G)-3')
  • Transcriptional regulator TetR family
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / complex / dsDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Valegard, K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A TetR-family transcription factor regulates fatty acid metabolism in the archaeal model organism Sulfolobus acidocaldarius.
著者: Wang, K. / Sybers, D. / Maklad, H.R. / Lemmens, L. / Lewyllie, C. / Zhou, X. / Schult, F. / Brasen, C. / Siebers, B. / Valegard, K. / Lindas, A.C. / Peeters, E.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator TetR family
B: Transcriptional regulator TetR family
C: Transcriptional regulator TetR family
D: Transcriptional regulator TetR family
E: Transcriptional regulator TetR family
F: Transcriptional regulator TetR family
Q: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*G)-3')
X: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
Y: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*G)-3')
Z: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,76512
ポリマ－168,23010
非ポリマー1,5352
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26040 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area61300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.850, 178.310, 266.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator TetR family / FadR transcription factor


分子量: 23687.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: Saci_1107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J9S1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6549.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*C)-3')


分子量: 6504.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8, 0.4M Lithium chloride, 15% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→49.41 Å / Num. obs: 40698 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 68.53 Å2 / CC1/2: 0.958 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.59
反射 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 2851 / CC1/2: 0.953 / Rrim(I) all: 0.746 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MWR

5mwr
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.29→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9044 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8833 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.402
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 2035 5 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2037 40699 99.47 %-
原子変位パラメータBiso mean: 139.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--43.594 Å20 Å20 Å2
2---13.4938 Å20 Å2
3---57.0878 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.975 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.29→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9345 1713 73 0 11131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811532HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9115884HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3950SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1452HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11532HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1483SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12808SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 140 4.98 %
Rwork0.2531 2673 -
all0.2541 2813 -
obs--99.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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