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- PDB-3fmz: Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fmz
タイトルCrystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand
要素Retinol-binding protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / retinol binding / Disease mutation / Retinol-binding / Secreted / Sensory transduction / Transport / Vision / Vitamin A
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development ...Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / detection of light stimulus involved in visual perception / molecular carrier activity / retinal metabolic process / eye development / heart trabecula formation / retinal binding / cardiac muscle tissue development / retinol metabolic process / retinol binding / positive regulation of immunoglobulin production / Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / response to muscle activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / uterus development / vagina development / phototransduction, visible light / response to retinoic acid / Retinoid metabolism and transport / gluconeogenesis / lung development / response to insulin / positive regulation of insulin secretion / male gonad development / glucose homeostasis / heart development / response to ethanol / spermatogenesis / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2T1 / Retinol-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, Z. / Johnstone, S. / Walker, N.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Identification and Characterization of a Non-retinoid Ligand for Retinol-binding Protein 4 Which Lowers Serum Retinol-binding Protein 4 Levels in Vivo.
著者: Motani, A. / Wang, Z. / Conn, M. / Siegler, K. / Zhang, Y. / Liu, Q. / Johnstone, S. / Xu, H. / Thibault, S. / Wang, Y. / Fan, P. / Connors, R. / Le, H. / Xu, G. / Walker, N. / Shan, B. / Coward, P.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 4
B: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0264
ポリマ－49,2412
非ポリマー7852
水19811
1
A: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0132
ポリマ－24,6201
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Retinol-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0132
ポリマ－24,6201
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.802, 84.802, 119.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Retinol-binding protein 4 / Plasma retinol-binding protein / PRBP / RBP


分子量: 24620.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP4, PRO2222 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02753
#2: 化合物 ChemComp-2T1 / 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid / A-1120


分子量: 392.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19F3N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.4M Mg formate, 0.1M GndHCl, 0.1M Bis-Tris 6.5, vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日 / 詳細: 3X3 CCD ARRAY
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→73.521 Å / Num. obs: 10890 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 52.465 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 5.773
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.9-3.063.70.4021.9601216080.402100
3.06-3.243.70.282.7548214710.28100
3.24-3.473.70.1884523014000.188100
3.47-3.743.70.1335.6489213210.133100
3.74-4.13.70.1057447812040.105100
4.1-4.593.70.0749.8404210930.074100
4.59-5.293.60.0788.935769830.078100
5.29-6.483.60.0888.228948060.088100
6.48-9.173.50.06710.222596380.06799.8
9.17-119.563.60.04313.413123660.043100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / WRfactor Rfree: 0.259 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.826 / SU B: 16.978 / SU ML: 0.331 / SU Rfree: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.445 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 522 4.8 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.226 10853 99.96 %-
all-10895 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.52 Å2 / Biso mean: 25.789 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.22 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2814 0 56 11 2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.9553988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.2923.846156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.32415482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6531524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3291.51728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63522774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7231216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2844.51214
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 48 -
Rwork0.27 746 -
all-794 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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