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- PDB-3fms: Crystal structure of TM0439, a GntR transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fms
タイトルCrystal structure of TM0439, a GntR transcriptional regulator
要素Transcriptional regulator, GntR family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / GNTR FAMILY / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / SURFACE ENTROPY REDUCTION / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / INTEGRATED CENTER FOR STRUCTURE AND FUNCTION INNOVATION / ISFI / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...GntR ligand-binding domain-like / FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Transcriptional regulator, GntR family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zheng, M. / Cooper, D.R. / Yu, M. / Hung, L.-W. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of Thermotoga maritima TM0439: implications for the mechanism of bacterial GntR transcription regulators with Zn2+-binding FCD domains.
著者: Zheng, M. / Cooper, D.R. / Grossoehme, N.E. / Yu, M. / Hung, L.W. / Cieslik, M. / Derewenda, U. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A. / Giedroc, D.P. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年2月10日ID: 3DBW
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, GntR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6904
ポリマ－24,5141
非ポリマー1773
水1,45981
1
A: Transcriptional regulator, GntR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, GntR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3818
ポリマ－49,0272
非ポリマー3546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-11.4 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.188, 71.718, 43.323
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-229-

HOH

21A-281-

HOH

31A-284-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, GntR family


分子量: 24513.697 Da / 分子数: 1 / 変異: E118A, K119A, K122A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0439 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WYS0
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97960, 0.95370, 0.97980
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日
放射モノクロメーター: KOHZU: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.95371
30.97981
Reflection冗長度: 7 % / 数: 68034 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.63 / D res high: 2.4 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 9724 / % possible obs: 98.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.174099.910.0392.1497.5
4.15.1799.910.0391.8327.3
3.584.110010.062.6437.3
3.263.5899.910.0722.2877.4
3.023.2699.910.0871.6177.5
2.853.0210010.1041.3137.5
2.72.8510010.141.067.3
2.592.799.610.1850.9966.8
2.492.599710.2080.9426
2.42.4988.710.2190.9115.1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 12695 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 46.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 88.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→36.163 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: AUTHORS USED TLS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 620 4.93 %
Rwork0.157 --
obs0.161 12586 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.545 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 118.97 Å2 / Biso mean: 38.632 Å2 / Biso min: 11.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.729 Å2-0 Å23.637 Å2
2--0.865 Å2-0 Å2
3---1.864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1713 0 9 81 1803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.316351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.108270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.195895
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.4210.2771460.1672764291091
2.421-2.7720.2551690.1530373206100
2.772-3.4910.2351490.14730693218100
3.491-36.1670.2051560.15630963252100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.2423 Å / Origin y: 44.5731 Å / Origin z: 10.2735 Å
111213212223313233
T0.2202 Å2-0.0018 Å2-0.0112 Å2-0.2641 Å20.014 Å2--0.2348 Å2
L0.6846 °2-0.5198 °2-0.1357 °2-1.273 °2-0.0437 °2--0.8469 °2
S-0.0519 Å °-0.1237 Å °-0.0735 Å °0.1136 Å °-0.0118 Å °-0.0123 Å °0.0659 Å °0.0181 Å °0.0581 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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