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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fmf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase complexed with 7,8 diaminopelargonic acid carbamate | ||||||
![]() | Dethiobiotin synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / biotin biosynthesis / Rv1570 / dethiobiotin synthetase / bioD / ATP-binding / Magnesium / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dey, S. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of the Mycobacterium tuberculosis biotin biosynthesis enzymes 7,8-diaminopelargonic acid synthase and dethiobiotin synthetase . 著者: Dey, S. / Lane, J.M. / Lee, R.E. / Rubin, E.J. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 488.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 503.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25331.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: bioD, MT1621, MTCY336.33c, Rv1570 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O06620, UniProt: P9WPQ5*PLUS, dethiobiotin synthase #2: 化合物 | ChemComp-DSD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.541 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 50363 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 29.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 80.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3FGN 解像度: 2.05→29.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.51 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.141 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.107 Å / Total num. of bins used: 20
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