PDB-3flo: Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA po...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3flo

タイトル

Crystal structure of the carboxyl-terminal domain of yeast DNA polymerase alpha in complex with its B subunit

要素

(DNA polymerase alpha catalytic subunit ...) x 2
DNA polymerase alpha subunit B

キーワード

TRANSFERASE / Protein-protein complex / phosphoesterase fold / OB fold / Zinc-binding motif / DNA replication / Nucleus / Phosphoprotein / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / H3-H4 histone complex chaperone activity / DNA replication initiation / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / premeiotic DNA replication / alpha DNA polymerase:primase complex / Activation of the pre-replicative complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Klinge, S.N. / Pellegrini, L.

引用

ジャーナル: EMBO J / 年: 2009
タイトル: 3D architecture of DNA Pol alpha reveals the functional core of multi-subunit replicative polymerases.
著者: Sebastian Klinge / Rafael Núñez-Ramírez / Oscar Llorca / Luca Pellegrini /

要旨: Eukaryotic DNA replication requires the coordinated activity of the multi-subunit DNA polymerases: Pol alpha, Pol delta and Pol epsilon. The conserved catalytic and regulatory B subunits associate in ...

履歴

登録	2008年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年9月5日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3flo.cif.gz	1016.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3flo.ent.gz	855.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3flo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3flo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3flo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1618C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lwz-d 6hsq-d 4kn2-d 3cwz-d 6hsr-d 1lns-d 3ut0-4 4ndj-1 5v42-d 6axf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (10) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (9) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (5) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (10)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (9)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (5)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: DNA polymerase alpha subunit B

I: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

B: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

C: DNA polymerase alpha subunit B

J: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

D: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

E: DNA polymerase alpha subunit B

K: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

F: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

G: DNA polymerase alpha subunit B

L: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

H: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

ヘテロ分子

312 kDa, 12 ポリマー
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1

A: DNA polymerase alpha subunit B

B: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

K: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
78.2 kDa, 3 ポリマー
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2

C: DNA polymerase alpha subunit B

D: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

L: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.8 kDa, 3 ポリマー
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3

I: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

E: DNA polymerase alpha subunit B

F: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.9 kDa, 3 ポリマー
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4

J: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

G: DNA polymerase alpha subunit B

H: DNA polymerase alpha catalytic subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.411, 142.633, 175.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	SER	SER	2	A	A	248 - 705	3 - 460
2	1	1	ARG	ARG	SER	SER	2	C	D	248 - 705	3 - 460
3	1	1	ARG	ARG	SER	SER	2	E	G	248 - 705	3 - 460
4	1	1	ARG	ARG	SER	SER	2	G	J	248 - 705	3 - 460
1	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	2	B	C	1273 - 1407	11 - 145
2	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	2	D	F	1273 - 1407	11 - 145
3	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	2	F	I	1273 - 1407	11 - 145
4	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	2	H	L	1273 - 1407	11 - 145
1	2	2	LEU	LEU	CYS	CYS	4	B	C	1422 - 1452	160 - 190
2	2	2	LEU	LEU	CYS	CYS	4	D	F	1422 - 1452	160 - 190
3	2	2	LEU	LEU	CYS	CYS	4	F	I	1422 - 1452	160 - 190
4	2	2	LEU	LEU	CYS	CYS	4	H	L	1422 - 1452	160 - 190

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ACEG

#1: タンパク質	DNA polymerase alpha subunit B / DNA polymerase I subunit B / DNA polymerase alpha:primase complex p86 subunit / Pol alpha-primase ...DNA polymerase I subunit B / DNA polymerase alpha:primase complex p86 subunit / Pol alpha-primase complex p86 subunit / DNA polymerase-primase complex p74 subunit 分子量: 51962.004 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 246-705 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: POL12 / プラスミド: RSF1-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2 / 参照: UniProt: P38121

#1: タンパク質

DNA polymerase alpha subunit B / DNA polymerase I subunit B / DNA polymerase alpha:primase complex p86 subunit / Pol alpha-primase ...

分子量: 51962.004 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 246-705 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL12 / プラスミド: RSF1-Duet / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2 / 参照: UniProt: P38121

-
DNA polymerase alpha catalytic subunit ... , 2種, 8分子 IJKLBDFH

#2: タンパク質・ペプチド	DNA polymerase alpha catalytic subunit A 分子量: 273.330 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal parts of chains B, D, F, H / 由来タイプ: 組換発現詳細: Co-expressed from the same plasmid as a protein complex 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: POL1, CDC17 / プラスミド: RSF1-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2
#3: タンパク質	DNA polymerase alpha catalytic subunit A / DNA polymerase I subunit A / DNA polymerase alpha:primase complex p180 subunit / Pol alpha-primase ...DNA polymerase I subunit A / DNA polymerase alpha:primase complex p180 subunit / Pol alpha-primase complex p180 subunit / DNA polymerase-primase complex p180 subunit 分子量: 23981.221 Da / 分子数: 4 断片: Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468 由来タイプ: 組換発現詳細: Co-expressed from the same plasmid as a protein complex 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: POL1, CDC17 / プラスミド: RSF1-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2 / 参照: UniProt: P13382, DNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質・ペプチド

DNA polymerase alpha catalytic subunit A

分子量: 273.330 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal parts of chains B, D, F, H / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Co-expressed from the same plasmid as a protein complex
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL1, CDC17 / プラスミド: RSF1-Duet / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2

#3: タンパク質

DNA polymerase alpha catalytic subunit A / DNA polymerase I subunit A / DNA polymerase alpha:primase complex p180 subunit / Pol alpha-primase ...

分子量: 23981.221 Da / 分子数: 4
断片: Cysteine-rich C-terminal domain, UNP residues 1263-1468
由来タイプ: 組換発現
詳細: Co-expressed from the same plasmid as a protein complex
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL1, CDC17 / プラスミド: RSF1-Duet / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta2 / 参照: UniProt: P13382, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 644分子

#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	CHAIN I, J, K, L; THE ELECTRON DENSITY MAP WAS NOT SUFFICIENTLY CLEAR TO ASSIGN UNAMBIGUOUSLY THE ...CHAIN I, J, K, L; THE ELECTRON DENSITY MAP WAS NOT SUFFICIENTLY CLEAR TO ASSIGN UNAMBIGUOUSLY THE AMINO ACID SEQUENCE TO THE REGIONS OF CHAINS B, D, F AND H N-TERMINAL TO ASP1273. THE DEPOSITORS HAVE PARTIALLY MODELLED THIS EXTRA DENSITY AS ALANINE TRI-PEPTIDES, WITH ARBITRARY CHAIN IDENTITY I, J, K, L FOR THE N-TERMINAL REGIONS OF CHAINS B, D, F, H, RESPECTIVELY.

配列の詳細

CHAIN I, J, K, L; THE ELECTRON DENSITY MAP WAS NOT SUFFICIENTLY CLEAR TO ASSIGN UNAMBIGUOUSLY THE ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 1.26M Ammonium Sulfate, 3mM TCEP, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2852
検出器	タイプ: ADSC Q315R / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日 / 詳細: silicon monochromator
放射	モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→31.9 Å / Num. all: 141597 / Num. obs: 141597 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 58.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 20778 / R_sym value: 0.652 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→31.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 14.378 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	7082	5 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.192	134185	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0 Å²	-0.45 Å²
2-	-	-0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19648	0	333	571	20552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	20479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	13857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.983	27801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3.002	33816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.323	5	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.132	24.461	964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.726	15	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.359	15	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	22413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	14015
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	10040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	11054
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.152	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.209	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.997	1.5	15896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.136	1.5	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.154	2	20190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.056	3	9238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.746	4.5	7611
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2550	tight positional	0.06	0.05
1	2	C	2550	tight positional	0.05	0.05
1	3	E	2550	tight positional	0.05	0.05
1	4	G	2550	tight positional	0.05	0.05
2	1	B	798	tight positional	0.06	0.05
2	2	D	798	tight positional	0.04	0.05
2	3	F	798	tight positional	0.04	0.05
2	4	H	798	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	3294	medium positional	0.49	0.5
1	2	C	3294	medium positional	0.46	0.5
1	3	E	3294	medium positional	0.52	0.5
1	4	G	3294	medium positional	0.5	0.5
2	1	B	1500	medium positional	0.42	0.5
2	2	D	1500	medium positional	0.4	0.5
2	3	F	1500	medium positional	0.47	0.5
2	4	H	1500	medium positional	0.42	0.5
1	1	A	2550	tight thermal	0.12	0.5
1	2	C	2550	tight thermal	0.1	0.5
1	3	E	2550	tight thermal	0.1	0.5
1	4	G	2550	tight thermal	0.11	0.5
2	1	B	798	tight thermal	0.12	0.5
2	2	D	798	tight thermal	0.07	0.5
2	3	F	798	tight thermal	0.08	0.5
2	4	H	798	tight thermal	0.09	0.5
1	1	A	3294	medium thermal	0.61	2
1	2	C	3294	medium thermal	0.52	2
1	3	E	3294	medium thermal	0.53	2
1	4	G	3294	medium thermal	0.58	2
2	1	B	1500	medium thermal	0.68	2
2	2	D	1500	medium thermal	0.43	2
2	3	F	1500	medium thermal	0.52	2
2	4	H	1500	medium thermal	0.46	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	470	-
R_work	0.313	9897	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3725	-0.5764	0.855	1.4763	-0.2989	1.3813	-0.1264	0.2822	0.0475	-0.1968	0.0986	-0.0136	0.1191	0.032	0.0278	-0.1725	-0.0878	-0.0106	-0.1597	-0.0273	-0.3518	24.395	79.952	153.367
2	1.0837	0.5658	1.1999	1.7176	1.4698	2.9323	0.1385	-0.0314	-0.1587	0.279	-0.0768	-0.1468	0.385	-0.2213	-0.0617	-0.0187	-0.1374	-0.0765	-0.1331	0.0031	-0.2962	-5.842	19.346	112.4
3	4.116	2.3144	1.3903	2.2399	0.6743	0.989	-0.1433	0.0029	0.7069	-0.0822	0.0465	0.7213	-0.1419	-0.1411	0.0967	-0.1607	-0.0414	-0.033	-0.1037	0.0693	0.1204	19.691	129.723	161.381
4	1.5777	-0.7684	1.4795	1.2863	-0.6861	2.1339	0.0029	0.2094	0.1552	0.0282	-0.0326	-0.088	-0.1479	0.081	0.0297	-0.1736	-0.057	-0.0408	-0.1208	0.0867	-0.2971	1.27	69.477	107.749
5	1.8412	0.0727	1.051	0.7344	-0.3222	3.3804	-0.2614	-0.3149	0.251	0.2267	0.1204	0.0153	-0.2855	-0.1486	0.141	-0.0416	0.1542	-0.0636	-0.1205	-0.0851	-0.2619	22.133	93.256	184.661
6	1.4197	0.5597	1.3557	1.8798	2.3268	5.9625	-0.2544	0.6607	0.0536	-0.5912	0.3973	-0.2727	-0.7814	0.9231	-0.1429	0.1822	-0.3216	0.1011	0.2125	-0.0614	-0.1041	10.911	33.005	85.599
7	5.2465	2.6187	1.1035	2.2641	0.4413	1.3978	-0.4968	1.412	-0.823	-0.5948	0.9081	-0.5593	-0.1313	0.5983	-0.4112	0.0784	-0.3745	0.1085	0.4691	-0.3497	0.0984	44.447	116.11	142.12
8	4.0763	-1.7939	2.6301	1.5286	-1.3371	2.8482	0.1792	-0.5325	-0.6085	0.0309	0.2926	0.5676	0.1322	-0.7753	-0.4718	-0.1163	-0.0787	-0.0236	0.1334	0.2665	0.0705	-29.72	55.289	112.681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	248 - 705
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	248 - 705
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	248 - 705
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	248 - 705
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1273 - 1452
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	1273 - 1452
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	1273 - 1452
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1273 - 1452

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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