[日本語] English
万見
- PDB-3fkd: The crystal structure of L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fkd
タイトルThe crystal structure of L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase from Porphyromonas gingivalis
要素L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE / 11247b / structural genomic / L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase Porphyromonas gingivalis / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, Z. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase from Porphyromonas gingivalis
著者: Zhang, Z. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2008年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年11月13日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct_conn / struct_keywords
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_keywords.text
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
B: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
C: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
D: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,8344
ポリマ－161,8344
非ポリマー00
水5,368298
1
A: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
D: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9172
ポリマ－80,9172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
2
B: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase
C: L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9172
ポリマ－80,9172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.443, 101.513, 93.714
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細dimer

-
要素

#1: タンパク質
L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase


分子量: 40458.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: PG_0012 / プラスミド: BC-pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MXY2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribacic dihydrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月1日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 56150 / Num. obs: 56150 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 7466 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXモデル構築
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.857 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.04 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2745 2847 5.07 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.2492 56150 --
obs0.2266 56150 98.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.394 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.8192 Å217.7907 Å2-4.9715 Å2
2--0 Å2-1.661 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10312 0 0 298 10610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.54310.30211320.23042581X-RAY DIFFRACTION96
2.5431-2.58940.33981520.24182589X-RAY DIFFRACTION96
2.5894-2.63920.34291370.25582599X-RAY DIFFRACTION98
2.6392-2.69310.3531350.24772617X-RAY DIFFRACTION97
2.6931-2.75160.29841560.23012635X-RAY DIFFRACTION98
2.7516-2.81560.29621290.23292652X-RAY DIFFRACTION98
2.8156-2.8860.31211500.22412630X-RAY DIFFRACTION99
2.886-2.9640.25991290.22272686X-RAY DIFFRACTION99
2.964-3.05120.27841220.22372677X-RAY DIFFRACTION99
3.0512-3.14970.28391370.23192692X-RAY DIFFRACTION99
3.1497-3.26220.26831380.22542664X-RAY DIFFRACTION100
3.2622-3.39280.27771530.2142667X-RAY DIFFRACTION100
3.3928-3.54720.24671490.21282703X-RAY DIFFRACTION100
3.5472-3.73410.25651620.21552664X-RAY DIFFRACTION100
3.7341-3.9680.27891380.20672689X-RAY DIFFRACTION100
3.968-4.27410.22961390.20112708X-RAY DIFFRACTION100
4.2741-4.70390.25361350.19022692X-RAY DIFFRACTION100
4.7039-5.38370.24551550.20262691X-RAY DIFFRACTION100
5.3837-6.77960.29071470.22962728X-RAY DIFFRACTION100
6.7796-46.86480.22471520.22222739X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る