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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fjg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3PG bound PEB3 | ||||||
![]() | Major antigenic peptide PEB3 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / PEB3 / 3PG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Min, T. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Specificity of Campylobacter jejuni adhesin PEB3 for phosphates and structural differences among its ligand complexes. 著者: Min, T. / Vedadi, M. / Watson, D.C. / Wasney, G.A. / Munger, C. / Cygler, M. / Matte, A. / Young, N.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27711.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 11168 / 遺伝子: Cj0289c, peb3 / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-3PG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 18% [w/v] polyethylene glycol 3350, 0.2 M 3-PG, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 51009 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique all: 4947 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 93.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2hxw, PDB ENTRY peb3 解像度: 2.2→44.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.259 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.694 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
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