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- PDB-3fi3: Crystal structure of JNK3 with indazole inhibitor, SR-3737 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fi3
タイトルCrystal structure of JNK3 with indazole inhibitor, SR-3737
要素Mitogen-activated protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / JNK3 / protein-inhibitor complex / Alternative splicing / ATP-binding / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm / Epilepsy / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / cellular senescence / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JK2 / Mitogen-activated protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Habel, J.E. / Duckett, D. / LoGrasso, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure-activity relationships and X-ray structures describing the selectivity of aminopyrazole inhibitors for c-Jun N-terminal kinase 3 (JNK3) over p38.
著者: Kamenecka, T. / Habel, J. / Duckett, D. / Chen, W. / Ling, Y.Y. / Frackowiak, B. / Jiang, R. / Shin, Y. / Song, X. / LoGrasso, P.
履歴
登録2008年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8734
ポリマ－42,2361
非ポリマー6373
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.862, 124.105, 69.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 10 / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 / MAP kinase p49 3F12


分子量: 42235.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 39-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JNK3, JNK3A, MAPK10, PRKM10 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-JK2 / 3-{5-[(2-fluorophenyl)amino]-1H-indazol-1-yl}-N-(3,4,5-trimethoxyphenyl)benzamide


分子量: 512.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H25FN4O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 10mg/mL JNK3 mixed with 1mM AMP-PCP, 2mM MgCl2, 0.4mM Zwittergent 3-14, 10% ethylene. Crystals grown in 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris, 28-31% PEG 3350, pH 5.5, Microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月11日
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal, asymetric cut 12.2 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17506 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 38.66 Å2 / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.1 % / Rsym value: 0.367

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(AutoMR)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX(AutoMR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JNK

1jnk


解像度: 2.2→48.94 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 1751 10 %random 10%
Rwork0.1803 ---
obs0.187 17506 93.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.499 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2731 0 46 148 2925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.25580.2674910.2384836X-RAY DIFFRACTION65
2.2558-2.32220.34811160.23281025X-RAY DIFFRACTION81
2.3222-2.39720.30531290.21981140X-RAY DIFFRACTION90
2.3972-2.48280.29321310.2051187X-RAY DIFFRACTION93
2.4828-2.58220.31231340.21421235X-RAY DIFFRACTION96
2.5822-2.69980.31651380.20341241X-RAY DIFFRACTION98
2.6998-2.84210.30871410.21391252X-RAY DIFFRACTION98
2.8421-3.02010.32011410.21491271X-RAY DIFFRACTION99
3.0201-3.25330.28761420.18871276X-RAY DIFFRACTION99
3.2533-3.58060.21711440.15881292X-RAY DIFFRACTION99
3.5806-4.09840.20251440.13781296X-RAY DIFFRACTION100
4.0984-5.16270.19261460.1411322X-RAY DIFFRACTION100
5.1627-48.95390.20591540.16341382X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1371-0.40661.25721.90761.16641.4407-0.11130.281-0.1907-0.1555-0.00910.27140.004-0.00320.1180.1645-0.00280.02890.1784-0.00480.1942-31.0968-47.2855-13.406
2-4.92064.24562.34034.23840.80776.24840.38830.0125-0.887-0.06590.2012-1.4153-0.6391.1701-0.42820.18020.0821-0.00370.4326-0.14190.563-14.5753-40.2276-3.8431
30.10040.8727-0.00753.01591.37541.118-0.03520.00710.04710.17350.06970.3235-0.00520.0713-0.02770.1610.03960.02180.2027-0.01410.2006-27.2301-31.245-4.646
40.6502-0.11230.3016-0.0282-0.16430.168-0.1792-0.0331-0.44550.283-0.0438-0.05210.1117-0.03780.20070.29710.2298-0.2250.5924-0.1460.6017-10.367-26.0978-8.7302
50.52430.96070.34820.74321.00983.8318-0.06020.1935-0.0668-0.04640.2294-0.0989-0.21851.1329-0.1270.1653-0.08440.01330.4474-0.0330.1664-17.8373-16.523-7.7919
62.241.3408-1.79151.61531.85236.2398-0.09990.0389-0.5146-0.50570.5566-0.4057-0.63651.8952-0.44760.2859-0.26350.11670.9359-0.18920.3211-5.8521-10.2253-10.739
71.44440.5691-0.32731.89471.08411.6829-0.269-0.1190.3634-0.11280.09260.2887-0.50550.21040.12030.269-0.0828-0.02090.16790.00090.2103-25.2287-6.5958-3.8951
81.96030.4801-0.74114.38233.02062.22280.2882-0.4185-0.12310.98070.1527-0.70010.6070.4545-0.39850.33790.1438-0.11080.2971-0.02150.453-12.3947-42.6932.4926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 46:96)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 97:119)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 120:209)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 210:227)
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 228:265)
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 266:298)
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 299:362)
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 363:401)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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