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- PDB-3fhz: Crystal structure of the arginine repressor from Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhz
タイトルCrystal structure of the arginine repressor from Mycobacterium tuberculosis bound with its DNA operator and co-repressor, L-arginine
要素
  • 5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'
  • Arginine repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Mycobacterium tuberculosis / arginine repressor protein / DNA binding / ArgR-operator ternary complex / Structural Genomics / TB structural genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Amino-acid biosynthesis / Arginine biosynthesis / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ARGININE / DNA / DNA (> 10) / Arginine repressor / Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Cherney, L.T. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The structure of the arginine repressor from Mycobacterium tuberculosis bound with its DNA operator and Co-repressor, L-arginine.
著者: Cherney, L.T. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.
履歴
登録2008年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
C: Arginine repressor
D: Arginine repressor
E: Arginine repressor
F: Arginine repressor
G: 5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
H: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'
I: 5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
J: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'
K: 5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
L: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,78224
ポリマ－140,99512
非ポリマー1,78712
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36340 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area49550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.286, 152.649, 163.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
33
14
24
34

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain G and (resseq 1:20)
211chain K and (resseq 1:20)
311chain I and (resseq 1:20)
112chain H and (resseq 1:20)
212chain L and (resseq 1:20)
312chain J and (resseq 1:20)
113chain D and (resseq 12:170 )
213chain C and (resseq 12:170 )
313chain B and (resseq 12:170 )
114chain A and (resseq 20:170 )
214chain E and (resseq 20:170 )
314chain F and (resseq 20:170 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細The biological unit is the content of the asymmetric unit: arginine repressor hexamer with bound three copies of the DNA operator and arginine molecules

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Arginine repressor


分子量: 17366.635 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: ahrC, argR, MT1695, MTCY06H11.22, Rv1657 / プラスミド: pGST-1657 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A4Y8, UniProt: P9WPY9*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 GIKHJL

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 6166.030 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 20 oligonucleotide DNA segment 1
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'


分子量: 6098.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 20 oligonucleotide DNA segment 2

-
非ポリマー , 4種, 85分子

#4: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 100mM Bis-tris, 0.2M KF, 15% Glycerol, 10mM Arginine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Bis-tris11
3Potassium fluoride11
4Glycerol11
5Arginine11
6PEG 335012
7Bis-tris12
8Potassium fluoride12
9Glycerol12
10Arginine12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→50 Å / Num. obs: 24627 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 96.4 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.27→3.42 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique all: 2445 / Rsym value: 0.563 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2FZF, 3ERE

2fzf

3ere


解像度: 3.27→44.339 Å / SU ML: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2757 1246 5.06 %random
Rwork0.2306 ---
obs0.2329 24605 97.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.592 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.27→44.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6841 2442 98 73 9454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.864
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11G410X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12K410X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
13I410X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
21H404X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22L404X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
23J404X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
31D1145X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C1145X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.084
33B1145X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
41A1088X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42E1088X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.085
43F1088X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.27-3.40080.34381280.3154231288
3.4008-3.55560.36151360.2982260099
3.5556-3.74290.36311460.2749260599
3.7429-3.97730.31551300.24152618100
3.9773-4.28410.30091490.2231260899
4.2841-4.71480.25551390.1909261199
4.7148-5.39610.23971390.1983263799
5.3961-6.79450.26031430.2222265298
6.7945-44.34350.21271360.2005271695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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