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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fhu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of type IV b pilin from Salmonella typhi | ||||||
要素 | Prepilin | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / pilin | ||||||
機能・相同性 | Type 4 secretion system, PilS, N-terminal / PilS N terminal / TcpA-like pilin / TcpA-like pilin / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / membrane / Alpha Beta / Pilus assembly protein PilX 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella typhi (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Balakrishna, A.M. / Swaminathan, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2009 タイトル: Structural basis of typhoid: Salmonella typhi type IVb pilin (PilS) and cystic fibrosis transmembrane conductance regulator interaction. 著者: Balakrishna, A.M. / Saxena, A.M. / Mok, H.Y. / Swaminathan, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fhu.cif.gz | 64 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fhu.ent.gz | 51.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fhu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fhu_validation.pdf.gz | 437.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fhu_full_validation.pdf.gz | 445.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fhu_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fhu_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fhu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15842.432 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 26-181 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌) 遺伝子: pilS, STY4547, t4247 / プラスミド: Pet32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8Z1L1 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 4M Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97939, 0.97978, 0.95 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: Brandeis B4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月9日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→8 Å / Num. all: 22854 / Num. obs: 21898 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 26.5 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.39 / Num. unique all: 23297 / Rsym value: 0.15 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å
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