PDB-3fhu: Crystal structure of type IV b pilin from Salmonella typhi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fhu

タイトル

Crystal structure of type IV b pilin from Salmonella typhi

要素

Prepilin

キーワード

CELL ADHESION / pilin

機能・相同性

Type 4 secretion system, PilS, N-terminal / PilS N terminal / TcpA-like pilin / TcpA-like pilin / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / membrane / Alpha Beta / Pilus assembly protein PilX

機能・相同性情報

生物種

Salmonella typhi (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Balakrishna, A.M. / Swaminathan, K.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Structural basis of typhoid: Salmonella typhi type IVb pilin (PilS) and cystic fibrosis transmembrane conductance regulator interaction.
著者: Balakrishna, A.M. / Saxena, A.M. / Mok, H.Y. / Swaminathan, K.

履歴

登録	2008年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2020年9月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fhu.cif.gz	68.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fhu.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fhu_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fhu_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	3fhu_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	3fhu_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fhvC 1q5f C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h8x-d 3kks-d 4bkz-d 4eh5-d 6gny-d 5cmy-d 5o8u-d 6zmb-d 7cc4-d 2vng-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Prepilin

B: Prepilin

31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.880, 114.530, 31.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Prepilin / PilS 分子量: 15842.432 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 26-181 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌) 遺伝子: pilS, STY4547, t4247 / プラスミド: Pet32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8Z1L1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4M Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12C / 波長: 0.97939, 0.97978, 0.95

検出器

タイプ: Brandeis B4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月9日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97939	1
2	0.97978	1
3	0.95	1

反射

解像度: 2.1→8 Å / Num. all: 22854 / Num. obs: 21898 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.029 / Net I/σ(I): 26.5

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.39 / Num. unique all: 23297 / R_sym value: 0.15

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SnB	位相決定
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	2198	-
R_work	0.22	-	-
all	-	22854	-
obs	-	21898	95.8 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2108	0	0	218	2326

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.18 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2639	2198	-
R_work	0.2278	-	-
obs	-	21898	95.8 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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