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- PDB-3fht: Crystal structure of human Dbp5 in complex with AMPPNP and RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fht
タイトルCrystal structure of human Dbp5 in complex with AMPPNP and RNA
要素
  • ATP-dependent RNA helicase DDX19B
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / Dbp5 / DEAD-box helicase / RNA dependent ATPase / mRNA export / nucleocytoplasmic transport / Nup214 / CAN / Nup159 / DDX19b / nuclear pore / gle1 / ATP-binding / Helicase / Hydrolase / Membrane / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / RNA-binding / Translocation / Transport / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / helicase activity / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity ...poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / helicase activity / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal ...RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA / ATP-dependent RNA helicase DDX19B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者von Moeller, H. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The mRNA export protein DBP5 binds RNA and the cytoplasmic nucleoporin NUP214 in a mutually exclusive manner
著者: von Moeller, H. / Basquin, C. / Conti, E.
履歴
登録2008年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
B: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,70812
ポリマ－99,2794
非ポリマー1,4298
水5,405300
1
A: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
C: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2625
ポリマ－49,6392
非ポリマー6233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
D: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4467
ポリマ－49,6392
非ポリマー8075
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.600, 79.660, 124.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX19B / DEAD-box helicase 5 / Dbp5 / DEAD box protein 19B / DEAD box RNA helicase DEAD5


分子量: 46622.645 Da / 分子数: 2
断片: Helicase ATP-binding domain, C-terminal domain, residues 68-479
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX19B (Dbp5) / プラスミド: pETMC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21
参照: UniProt: Q9UMR2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3016.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 308分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris pH 7.0, 20% PEG 2000 mono-methyl-ether, 3% PEG 3350, 30mM NaF, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1tris11
2PEG 2000 mono-methyl-ether11
3PEG 335011
4NaF11
5HOH11
6tris12
7PEG 2000 mono-methyl-ether12
8PEG 335012
9NaF12
10HOH11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0068 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0068 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.52 Å / Num. all: 41194 / Num. obs: 41211 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.11 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.89
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.11 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 4.54 / Num. unique all: 5113 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0063精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J0S

2j0s


解像度: 2.2→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 10.469 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22518 2061 5 %RANDOM
Rwork0.16846 ---
obs0.1713 39149 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.93 Å2 / Biso mean: 21.053 Å2 / Biso min: 3.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.08 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6178 237 88 300 6803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226517
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8552.0298867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3045777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66124.559272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.626151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0711540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9341.53882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75526263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20132635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0664.52604
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 149 -
Rwork0.185 2821 -
all-2970 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8467-0.9491-1.00472.94461.95184.13850.0057-0.0278-0.0757-0.0535-0.03340.2320.101-0.2030.02770.0518-0.0117-0.00330.05340.00920.1018-8.2304-2.448915.1426
20.88040.05380.04010.64310.19120.55280.0079-0.0709-0.0360.0689-0.02850.04030.0245-0.00750.02050.05960.0014-0.00250.07710.0080.0973-2.85297.424121.1273
30.73490.51410.44571.80.80180.5137-0.0107-0.11620.11630.118-0.05880.07670.0608-0.12550.06950.05860.0065-0.00230.0838-0.01230.08921.282422.39120.8591
44.49772.8021-1.21922.1717-1.58942.1374-0.0213-0.01270.2130.04740.05310.1971-0.1232-0.0917-0.03180.06280.0362-0.01220.0597-0.01140.1498-6.171823.468819.4233
56.4556-5.0054-2.37613.90241.82890.88630.41930.53080.8689-0.2506-0.1926-0.6233-0.1273-0.2896-0.22660.29730.0254-0.0420.82750.20550.40091.919935.533922.0828
60.7794-0.6218-0.69311.67140.13531.74120.029-0.09540.08020.1086-0.0553-0.0309-0.16960.06730.02630.071-0.0154-0.02670.08680.00020.088.454925.299522.5101
71.7774-0.1679-1.74061.66160.52565.55420.0407-0.07120.01310.1012-0.03-0.2254-0.03640.1574-0.01070.0291-0.0109-0.04220.10110.02240.110516.720720.043122.1796
82.3242-0.9557-2.35011.75531.84114.3920.02830.0335-0.00090.02190.0273-0.1543-0.01310.1452-0.05560.04310.005-0.01430.08950.02410.088411.58248.71417.3722
91.35120.3805-0.1080.4795-0.10291.66080.0741-0.149-0.11770.1102-0.0553-0.08160.14430.0328-0.01880.07020.0195-0.00170.05230.02340.110115.44333.743219.0984
101.4370.26870.39761.9271-0.68742.9003-0.04040.0946-0.1607-0.4285-0.1084-0.07670.2790.16950.14880.1350.05290.00380.0337-0.01430.04289.61426.6395-11.3086
1111.10822.3062-7.44131.9638-0.81765.62870.0270.0096-0.17850.1186-0.05980.09790.0833-0.22260.03290.1637-0.0194-0.03050.19240.04690.12650.148612.411-16.1476
120.660.10530.31311.4369-0.35151.16540.01890.05370.0615-0.2034-0.00020.00520.04720.0341-0.01870.1263-0.0079-0.0030.05230.00050.07086.387421.9583-10.3813
134.18041.62391.29163.54711.18911.3723-0.10420.02510.068-0.03210.07780.2307-0.2353-0.12320.02640.07590.0135-0.01510.09020.02470.0743-1.146527.0619-0.2815
140.1438-0.2553-0.26871.3326-0.36841.3785-0.0015-0.0160.0201-0.1359-0.0249-0.03590.11210.06480.02640.0883-0.00570.00190.07540.00110.08887.144611.3266-1.3969
150.98880.1486-0.81912.0198-1.464.4035-0.06160.0854-0.0408-0.3227-0.0685-0.27210.41470.21150.13010.10550.04630.06940.0603-0.00310.089416.35332.2865-7.6516
160.68081.18250.91733.0341.37882.1537-0.06930.04350.0521-0.01330.01460.2348-0.1193-0.01940.05470.02890.01350.00010.0817-0.0050.108111.1058-1.547345.0089
172.9629-0.6791-2.11350.7936-0.13962.13850.13770.26730.045-0.0962-0.1378-0.0147-0.0597-0.143300.0850.0281-0.02740.0911-0.00240.10318.2341-3.386339.8367
180.4156-0.2671-0.49241.02670.24080.6886-0.03270.1013-0.0142-0.1303-0.01710.09950.0042-0.06490.04980.0755-0.0238-0.01670.11140.00760.081121.833-13.057438.9735
191.0665-0.65860.65290.8345-0.12271.343-0.0306-0.0595-0.03730.0320.04560.0070.0583-0.0661-0.0150.0796-0.00770.00990.05760.00010.122.7602-21.476347.7638
207.8476-3.36561.91072.792-1.47251.27250.04340.2222-0.3164-0.18850.04880.28510.2226-0.1191-0.09220.0652-0.04160.00920.0929-0.03350.105914.5514-23.990242.1467
214.0663-1.36981.70641.94160.30192.99970.21990.1883-0.2541-0.0408-0.23120.10590.37590.08690.01130.12690.00070.02470.0443-0.00970.072427.2739-30.554340.2882
221.060.19770.18311.4750.34172.5816-0.00780.1161-0.0179-0.0627-0.0769-0.08180.06650.13490.08470.04780.01140.02510.09530.0180.088334.214-19.808139.6806
231.6624-0.53450.24221.0568-0.72360.51590.0323-0.02970.04210.0714-0.0381-0.0567-0.06270.02430.00580.0501-0.00550.01840.1042-0.01940.111634.7187-7.715444.9861
240.7051-0.5265-0.24340.8081-0.10451.59210.11240.08320.1694-0.1714-0.052-0.2107-0.19840.0935-0.06040.1003-0.02120.01410.10030.01790.122635.7395-4.14841.4055
250.83870.4532-1.68552.1539-1.90564.11430.0827-0.05430.02010.4664-0.2069-0.093-0.41630.3340.12410.1505-0.0619-0.04350.12750.04150.103530.6856-4.681470.7634
268.9272-1.39224.28071.8835-0.87682.89380.2212-0.05930.182-0.0535-0.06470.2432-0.0934-0.2434-0.15650.24880.0350.00360.21570.01240.156523.4353-13.165679.8575
271.14920.12260.33871.0488-0.79471.8344-0.0593-0.0838-0.01990.15380.03550.0046-0.07350.03630.02380.1279-0.0006-0.00110.0366-0.00030.064626.9463-21.646672.6499
285.0083-2.4111-1.04094.21681.11911.0661-0.0551-0.1063-0.10610.05190.08890.23750.136-0.0491-0.03380.0624-0.0130.01320.07750.02110.087419.5563-26.887862.6377
290.11170.05460.27361.1588-0.51241.3876-0.02120.0244-0.04270.1546-0.0156-0.0234-0.09210.07790.03680.09350.00170.0020.06210.00260.089828.1005-11.279963.6066
301.7404-0.131-0.00542.4747-1.7362.2383-0.1-0.1920.10540.5355-0.0743-0.42-0.59430.25120.17430.1803-0.0638-0.07990.0958-0.01790.10537.1862-2.302370.4526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A75 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A100 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3A155 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4A180 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5A201 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6A212 - 246
7X-RAY DIFFRACTION7A247 - 268
8X-RAY DIFFRACTION8A269 - 279
9X-RAY DIFFRACTION9A280 - 301
10X-RAY DIFFRACTION10A302 - 323
11X-RAY DIFFRACTION11A324 - 333
12X-RAY DIFFRACTION12A334 - 365
13X-RAY DIFFRACTION13A366 - 384
14X-RAY DIFFRACTION14A385 - 441
15X-RAY DIFFRACTION15A442 - 466
16X-RAY DIFFRACTION16B75 - 111
17X-RAY DIFFRACTION17B112 - 130
18X-RAY DIFFRACTION18B131 - 163
19X-RAY DIFFRACTION19B164 - 182
20X-RAY DIFFRACTION20B183 - 200
21X-RAY DIFFRACTION21B201 - 230
22X-RAY DIFFRACTION22B231 - 268
23X-RAY DIFFRACTION23B269 - 283
24X-RAY DIFFRACTION24B284 - 299
25X-RAY DIFFRACTION25B300 - 320
26X-RAY DIFFRACTION26B321 - 332
27X-RAY DIFFRACTION27B333 - 365
28X-RAY DIFFRACTION28B366 - 384
29X-RAY DIFFRACTION29B385 - 441
30X-RAY DIFFRACTION30B442 - 467

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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