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- PDB-3fhj: Independent saturation of three TrpRS subsites generates a partia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhj
タイトルIndependent saturation of three TrpRS subsites generates a partially-assembled state similar to those observed in molecular simulations
要素Tryptophanyl-tRNA synthetase
キーワードTRANSLATION / ligand-dependent domain rearrangement / mechanistic pathway / molecular simulations / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Cytoplasm / Ligase / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / TRYPTOPHAN / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Laowanapiban, P. / Kapustina, M. / Vonrhein, C. / Delarue, M. / Koehl, P. / Carter Jr., C.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2009
タイトル: Independent saturation of three TrpRS subsites generates a partially assembled state similar to those observed in molecular simulations.
著者: Laowanapiban, P. / Kapustina, M. / Vonrhein, C. / Delarue, M. / Koehl, P. / Carter, C.W.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32020年1月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
D: Tryptophanyl-tRNA synthetase
B: Tryptophanyl-tRNA synthetase
C: Tryptophanyl-tRNA synthetase
E: Tryptophanyl-tRNA synthetase
F: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,23324
ポリマ－223,3546
非ポリマー3,87918
水00
1
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
B: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7448
ポリマ－74,4512
非ポリマー1,2936
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
2
D: Tryptophanyl-tRNA synthetase
C: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7448
ポリマ－74,4512
非ポリマー1,2936
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
3
E: Tryptophanyl-tRNA synthetase
F: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7448
ポリマ－74,4512
非ポリマー1,2936
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.606, 91.989, 158.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Tryptophanyl-tRNA synthetase / Tryptophan--tRNA ligase / TrpRS


分子量: 37225.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: NC1500 / 遺伝子: trpS / プラスミド: PET42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00953, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 315 K / pH: 6.58
詳細: 2.28M K2HPO4, 0.6% (v/v) PEG 400, pH 6.58, dialysis, temperature 315K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月1日
放射モノクロメーター: APS SERCAT 22ID BEAMLINE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 161648 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.48 % / Biso Wilson estimate: 52.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル解像度: 2.65→2.85 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / % possible all: 77.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FI0

3fi0


解像度: 2.65→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33
Isotropic thermal model: We alternated the use of TLS refinement in REFMAC5 and mapping these parameters to individual isotropic B-values, which were fixed in coordinate refinements with Buster 2.0.
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 3680 -RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.21 157769 92.5 %-
all-70313 --
原子変位パラメータBiso mean: 63.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14035 0 168 0 14203
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 152 -
Rwork0.331 --
obs--52.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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