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- PDB-3fgc: Crystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fgc
タイトルCrystal Structure of the Bacterial Luciferase:Flavin Complex Reveals the Basis of Intersubunit Communication
要素(Alkanal monooxygenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / FMN bacterial luciferase mobile loop / Flavoprotein / FMN / Luminescence / Monooxygenase / Photoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial luciferase / alkanal monooxygenase (FMN-linked) activity / bioluminescence / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkanal monooxygenase / Bacterial luciferase, conserved site / Bacterial luciferase subunits signature. / Bacterial luciferase/NFP / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Alkanal monooxygenase beta chain / Alkanal monooxygenase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Campbell, Z.T. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. / Baldwin, T.O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the bacterial luciferase/flavin complex provides insight into the function of the beta subunit.
著者: Campbell, Z.T. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. / Baldwin, T.O.
履歴
登録2008年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkanal monooxygenase alpha chain
B: Alkanal monooxygenase beta chain
C: Alkanal monooxygenase alpha chain
D: Alkanal monooxygenase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,48923
ポリマ－155,3064
非ポリマー2,18319
水14,070781
1
A: Alkanal monooxygenase alpha chain
B: Alkanal monooxygenase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,97312
ポリマ－77,6532
非ポリマー1,32010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
2
C: Alkanal monooxygenase alpha chain
D: Alkanal monooxygenase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,51611
ポリマ－77,6532
非ポリマー8639
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area26270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.886, 109.301, 301.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Alkanal monooxygenase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Alkanal monooxygenase alpha chain / Bacterial luciferase alpha chain


分子量: 40197.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: luxA / プラスミド: pET21-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07740, bacterial luciferase
#2: タンパク質 Alkanal monooxygenase beta chain / Bacterial luciferase beta chain


分子量: 37455.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: luxB / プラスミド: pET21-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07739, bacterial luciferase

-
非ポリマー , 4種, 800分子

#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Na+/K+ phosphate pH 7.5 and 1.65 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→27.33 Å / Num. all: 83087 / Num. obs: 83194 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 26.842 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.429 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 43.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 99.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LUC

1luc


解像度: 2.3→27.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 5.495 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24087 4385 5 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
all0.18676 ---
obs0.18672 83087 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10927 0 121 847 11895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02211341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6811.94315423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8251409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87924.838587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.315151869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2951554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.25394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.27723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0841.57129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.662211089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.834939
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0944.54331
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 334 -
Rwork0.204 5990 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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