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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fgb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Q89ZH8_BACTN protein from Bacteroides thetaiotaomicron. Northeast Structural Genomics Consortium target BtR289b. | ||||||
要素 | uncharacterized protein Q89ZH8_BACTN | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / Q89ZH8_BACTN / BTR289B / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S.M. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Lee, D. / Foote, L.E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S.M. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Lee, D. / Foote, L.E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the Q89ZH8_BACTN protein from Bacteroides thetaiotaomicron. 著者: Vorobiev, S.M. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Lee, D. / Foote, L.E. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fgb.cif.gz | 153 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fgb.ent.gz | 124.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fgb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fgb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer according to aggregation screening |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39589.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148/DSM 2079/NCTC 10582/E50/VPI-5482 / 遺伝子: BT_4399 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q89ZH8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 20000, 0.035M potassium chloride, 0.1M Tris.HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97941, 0.97960, 0.96862 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月21日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 94601 / Num. obs: 94128 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 4.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 18.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.14 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 10495 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→42.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 198428.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.2651 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→42.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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