PDB-3fg7: The crystal structure of villin domain 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fg7

タイトル

The crystal structure of villin domain 6

要素

Villin-1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / actin binding protein / Villin head piece / villin / gelsolin / Actin capping / Actin-binding / Calcium / Cytoplasm / Cytoskeleton

機能・相同性

機能・相同性情報

terminal web assembly / intestinal D-glucose absorption / regulation of microvillus length / regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / positive regulation of actin filament depolymerization / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of lamellipodium morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, H. / Burtnick, L.D. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Helix-straightening as an activation mechanism in the gelsolin superfamily of actin regulatory proteins
著者: Wang, H. / Chumnarnsilpa, S. / Loonchanta, A. / Li, Q. / Kuan, Y.M. / Robine, S. / Larsson, M. / Mihalek, I. / Burtnick, L.D. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2008年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fg7.cif.gz	114.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fg7.ent.gz	82.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fg7_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fg7_full_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示
XML形式データ	3fg7_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	3fg7_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p8xS 1nph 1yu5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1v70-d 3vub-d 5eo3-1 2j97-d 2ewh-d 4el6-d 5szw-d 1kuh-d 3aps-2 2dgv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Villin-1

B: Villin-1

90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Villin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Villin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.820, 47.820, 98.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	G
2	1	A
1	2	G
2	2	A
1	3	G
2	3	A
1	4	G
2	4	A
1	5	G
2	5	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	G	635 - 645
2	1	1	1	A	635 - 645
1	1	2	1	G	655 - 698
2	1	2	1	A	655 - 698
1	1	3	1	G	714 - 741
2	1	3	1	A	714 - 741
1	1	4	4	G	646 - 654
2	1	4	4	A	646 - 654
1	1	5	4	G	699 - 713
2	1	5	4	A	699 - 713

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Villin-1 分子量: 44981.551 Da / 分子数: 2 / 断片: Gelsolin-like repeats 4, 5, and 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIL, VIL1 / プラスミド: pSY5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09327
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: The protein(10mg/ml)was mixed in a 1:1 ratio(v/v)with a reservoir solution containing 15%(w/v)PEG8000, 100mM NaOAc buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277KK

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.8 % / Av σ(I) over netI: 44.8 / 数: 80501 / R_merge(I) obs: 0.048 / Χ²: 1.71 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 16865 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	30	98.3	1	0.037	2.852	4.7
3.42	4.31	99.2	1	0.043	3.252	4.8
2.99	3.42	99.6	1	0.041	2.227	4.9
2.71	2.99	99.9	1	0.051	1.665	5
2.52	2.71	100	1	0.071	1.522	5
2.37	2.52	100	1	0.083	1.163	5
2.25	2.37	100	1	0.101	1.115	5
2.15	2.25	99.9	1	0.158	1.105	5
2.07	2.15	100	1	0.224	1.009	4.8
2	2.07	98.8	1	0.282	1.11	3.5

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 16865 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.048

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.282 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	23.91 Å
Translation	2.5 Å	23.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1P8X

1p8x

解像度: 2→23.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.303 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24622	807	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19727	-	-	-
obs	0.19961	16008	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→23.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1750	0	0	160	1910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.923	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.129	25	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.578	15	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.688	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.683	1.5	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.807	2	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.179	3	841
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.302	4.5	738
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.299	3	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	4.466	3	160
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.431	3	1750

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	90	tight positional	0.01	0.05
2	366	tight positional	0.01	0.05
3	229	tight positional	0.01	0.05
4	69	medium positional	0.2	0.5
5	121	medium positional	0.16	0.5
1	90	tight thermal	0.15	0.5
2	366	tight thermal	0.14	0.5
3	229	tight thermal	0.13	0.5
4	69	medium thermal	0.14	2
5	121	medium thermal	0.19	2

LS精密化シェル

解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	64	-
R_work	0.222	1147	-
obs	-	-	98.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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