PDB-3fg6: Structure of the C-terminus of Adseverin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fg6

タイトル

Structure of the C-terminus of Adseverin

要素

Adseverin

キーワード

ACTIN-BINDING PROTEIN / C-terminus of adseverin / Actin capping / Actin-binding / Cytoskeleton / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of secretion / regulation of chondrocyte differentiation / 1-phosphatidylinositol binding / actin nucleation / positive regulation of actin nucleation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / sequestering of actin monomers / calcium-ion regulated exocytosis / actin filament severing / actin filament capping ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of the C-terminus of adseverin reveals the actin-binding interface.
著者: Chumnarnsilpa, S. / Lee, W.L. / Nag, S. / Kannan, B. / Larsson, M. / Burtnick, L.D. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2008年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fg6.cif.gz	463.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fg6.ent.gz	373.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fg6_validation.pdf.gz	493.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fg6_full_validation.pdf.gz	524.2 KB	表示
XML形式データ	3fg6_validation.xml.gz	75.2 KB	表示
CIF形式データ	3fg6_validation.cif.gz	102.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p8xS 1d0n 1h1v 1svy 2fh1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ndz-1 4xz1-d 2fh4-2 6ndz-3 4mv0-1 2fh4-3 2fh1-3 6jg0-d 4muy-2 2fh4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Adseverin

C: Adseverin

G: Adseverin

E: Adseverin

F: Adseverin

H: Adseverin

D: Adseverin

B: Adseverin

ヘテロ分子

336 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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3

G: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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4

E: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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5

F: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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6

H: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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7

D: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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8

B: Adseverin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.644, 90.384, 98.839
Angle α, β, γ (deg.)	88.79, 88.26, 76.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	398 - 400	54 - 56
2	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	B	H	398 - 400	54 - 56
3	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	C	B	398 - 400	54 - 56
4	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	D	G	398 - 400	54 - 56
5	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	E	D	398 - 400	54 - 56
6	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	F	E	398 - 400	54 - 56
7	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	G	C	398 - 400	54 - 56
8	1	1	VAL	VAL	ILE	ILE	H	F	398 - 400	54 - 56
1	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	422 - 444	78 - 100
2	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	B	H	422 - 444	78 - 100
3	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	C	B	422 - 444	78 - 100
4	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	D	G	422 - 444	78 - 100
5	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	E	D	422 - 444	78 - 100
6	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	F	E	422 - 444	78 - 100
7	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	G	C	422 - 444	78 - 100
8	2	1	GLY	GLY	ASN	ASN	H	F	422 - 444	78 - 100
1	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	A	A	467 - 475	123 - 131
2	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	B	H	467 - 475	123 - 131
3	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	C	B	467 - 475	123 - 131
4	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	D	G	467 - 475	123 - 131
5	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	E	D	467 - 475	123 - 131
6	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	F	E	467 - 475	123 - 131
7	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	G	C	467 - 475	123 - 131
8	3	1	GLN	GLN	GLN	GLN	H	F	467 - 475	123 - 131
1	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	445 - 466	101 - 122
2	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	B	H	445 - 466	101 - 122
3	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	C	B	445 - 466	101 - 122
4	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	D	G	445 - 466	101 - 122
5	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	E	D	445 - 466	101 - 122
6	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	F	E	445 - 466	101 - 122
7	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	G	C	445 - 466	101 - 122
8	1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	H	F	445 - 466	101 - 122
1	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	410 - 421	66 - 77
2	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	B	H	410 - 421	66 - 77
3	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	C	B	410 - 421	66 - 77
4	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	D	G	410 - 421	66 - 77
5	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	E	D	410 - 421	66 - 77
6	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	F	E	410 - 421	66 - 77
7	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	G	C	410 - 421	66 - 77
8	1	3	GLN	GLN	GLY	GLY	H	F	410 - 421	66 - 77
1	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	A	A	615 - 622	271 - 278
2	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	C	B	615 - 622	271 - 278
3	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	G	C	615 - 622	271 - 278
4	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	E	D	615 - 622	271 - 278
5	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	F	E	615 - 622	271 - 278
6	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	H	F	615 - 622	271 - 278
7	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	D	G	615 - 622	271 - 278
8	1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	B	H	615 - 622	271 - 278
1	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	643 - 660	299 - 316
2	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	C	B	643 - 660	299 - 316
3	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	G	C	643 - 660	299 - 316
4	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	E	D	643 - 660	299 - 316
5	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	F	E	643 - 660	299 - 316
6	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	H	F	643 - 660	299 - 316
7	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	D	G	643 - 660	299 - 316
8	2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	B	H	643 - 660	299 - 316
1	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	A	A	690 - 696	346 - 352
2	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	C	B	690 - 696	346 - 352
3	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	G	C	690 - 696	346 - 352
4	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	E	D	690 - 696	346 - 352
5	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	F	E	690 - 696	346 - 352
6	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	H	F	690 - 696	346 - 352
7	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	D	G	690 - 696	346 - 352
8	3	4	PRO	PRO	GLN	GLN	B	H	690 - 696	346 - 352
1	1	5	THR	THR	GLY	GLY	A	A	623 - 633	279 - 289
2	1	5	THR	THR	GLY	GLY	C	B	623 - 633	279 - 289
3	1	5	THR	THR	GLY	GLY	G	C	623 - 633	279 - 289
4	1	5	THR	THR	GLY	GLY	E	D	623 - 633	279 - 289
5	1	5	THR	THR	GLY	GLY	F	E	623 - 633	279 - 289
6	1	5	THR	THR	GLY	GLY	H	F	623 - 633	279 - 289
7	1	5	THR	THR	GLY	GLY	D	G	623 - 633	279 - 289
8	1	5	THR	THR	GLY	GLY	B	H	623 - 633	279 - 289
1	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	634 - 642	290 - 298
2	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	C	B	634 - 642	290 - 298
3	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	G	C	634 - 642	290 - 298
4	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	E	D	634 - 642	290 - 298
5	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	F	E	634 - 642	290 - 298
6	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	H	F	634 - 642	290 - 298
7	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	D	G	634 - 642	290 - 298
8	1	6	GLU	GLU	GLU	GLU	B	H	634 - 642	290 - 298
1	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	661 - 667	317 - 323
2	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	C	B	661 - 667	317 - 323
3	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	G	C	661 - 667	317 - 323
4	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	E	D	661 - 667	317 - 323
5	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	F	E	661 - 667	317 - 323
6	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	H	F	661 - 667	317 - 323
7	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	D	G	661 - 667	317 - 323
8	1	7	ASP	ASP	LYS	LYS	B	H	661 - 667	317 - 323
1	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	A	A	699 - 706	355 - 362
2	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	C	B	699 - 706	355 - 362
3	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	G	C	699 - 706	355 - 362
4	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	E	D	699 - 706	355 - 362
5	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	F	E	699 - 706	355 - 362
6	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	H	F	699 - 706	355 - 362
7	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	D	G	699 - 706	355 - 362
8	1	8	GLU	GLU	TRP	TRP	B	H	699 - 706	355 - 362
1	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	A	A	536 - 553	192 - 209
2	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	C	B	536 - 553	192 - 209
3	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	G	C	536 - 553	192 - 209
4	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	E	D	536 - 553	192 - 209
5	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	F	E	536 - 553	192 - 209
6	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	H	F	536 - 553	192 - 209
7	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	D	G	536 - 553	192 - 209
8	1	9	ASN	ASN	TRP	TRP	B	H	536 - 553	192 - 209
1	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	573 - 579	229 - 235
2	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	C	B	573 - 579	229 - 235
3	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	G	C	573 - 579	229 - 235
4	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	E	D	573 - 579	229 - 235
5	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	F	E	573 - 579	229 - 235
6	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	H	F	573 - 579	229 - 235
7	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	D	G	573 - 579	229 - 235
8	2	9	LEU	LEU	ARG	ARG	B	H	573 - 579	229 - 235
1	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	509 - 518	165 - 174
2	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	C	B	509 - 518	165 - 174
3	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	G	C	509 - 518	165 - 174
4	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	E	D	509 - 518	165 - 174
5	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	F	E	509 - 518	165 - 174
6	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	H	F	509 - 518	165 - 174
7	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	D	G	509 - 518	165 - 174
8	3	9	PRO	PRO	ASN	ASN	B	H	509 - 518	165 - 174
1	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	554 - 572	210 - 228
2	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	C	B	554 - 572	210 - 228
3	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	G	C	554 - 572	210 - 228
4	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	E	D	554 - 572	210 - 228
5	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	F	E	554 - 572	210 - 228
6	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	H	F	554 - 572	210 - 228
7	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	D	G	554 - 572	210 - 228
8	1	10	VAL	VAL	VAL	VAL	B	H	554 - 572	210 - 228
1	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	525 - 535	181 - 191
2	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	C	B	525 - 535	181 - 191
3	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	G	C	525 - 535	181 - 191
4	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	E	D	525 - 535	181 - 191
5	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	F	E	525 - 535	181 - 191
6	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	H	F	525 - 535	181 - 191
7	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	D	G	525 - 535	181 - 191
8	1	11	ILE	ILE	LEU	LEU	B	H	525 - 535	181 - 191
1	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	580 - 596	236 - 252
2	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	C	B	580 - 596	236 - 252
3	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	G	C	580 - 596	236 - 252
4	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	E	D	580 - 596	236 - 252
5	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	F	E	580 - 596	236 - 252
6	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	H	F	580 - 596	236 - 252
7	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	D	G	580 - 596	236 - 252
8	1	12	ILE	ILE	LYS	LYS	B	H	580 - 596	236 - 252

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	Adseverin / Scinderin 分子量: 41925.914 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCIN, KIAA1905 / プラスミド: pSY5 (modified pET21d) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codonplus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9Y6U3
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.749113 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.678656 % / Mosaicity: 0.829 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 4000, 200mM sodium isothiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 105 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 1.9 % / Av σ(I) over netI: 16.78 / 数: 79198 / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 0.91 / D res high: 3 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 41218 / % possible obs: 90.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.44	30	88.3	1	0.026	0.681	1.9
5.12	6.44	90.4	1	0.031	0.874	1.9
4.48	5.12	89.2	1	0.028	0.771	1.9
4.07	4.48	89.5	1	0.031	0.818	1.9
3.78	4.07	90.4	1	0.039	0.926	2
3.56	3.78	92.3	1	0.051	1.01	1.9
3.38	3.56	93.5	1	0.066	0.976	1.9
3.23	3.38	93.6	1	0.087	0.916	1.9
3.11	3.23	91.1	1	0.105	0.959	1.9
3	3.11	85	1	0.142	1.182	1.8

反射

解像度: 3→30 Å / Num. obs: 41218 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Χ²: 0.908 / Net I/σ(I): 16.784

反射シェル

解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.142 / Num. unique all: 3909 / Χ²: 1.182 / % possible all: 85

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.99 Å	29.92 Å
Translation	2.99 Å	29.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P8X

1p8x

解像度: 3→29.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.895 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.783 / SU B: 61.231 / SU ML: 0.517 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.651 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	2084	5.1 %	RANDOM
R_work	0.244	39127	-	-
obs	0.247	41211	90.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.73 Å² / B_iso mean: 38.605 Å² / B_iso min: 7.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.05 Å²	0.08 Å²
2-	-	-0.05 Å²	-0.04 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19089	0	23	0	19112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	19516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.002	1.951	26432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.354	5	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.442	24.865	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.974	15	3389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.151	15	109
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	14855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	8005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	12808
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.106	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.301	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.245	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.168	1.5	12037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.298	2	18999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.306	3	8623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.495	4.5	7433

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	252	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	252	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	C	252	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	D	252	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	E	252	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	F	252	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	G	252	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	H	252	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	A	252	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
1	B	252	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
1	C	252	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
1	D	252	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
1	E	252	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
1	F	252	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
1	G	252	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
1	H	252	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	A	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	B	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	C	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	D	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	E	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	F	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	G	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	H	164	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	A	164	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
2	B	164	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	C	164	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
2	D	164	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
2	E	164	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	F	164	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	G	164	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
2	H	164	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	A	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	B	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	C	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	D	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	E	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	F	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	G	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	H	99	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	A	99	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	B	99	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
3	C	99	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	D	99	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	E	99	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	F	99	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	G	99	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	H	99	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	A	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	C	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	G	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	E	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	F	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	H	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	D	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	B	274	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	A	274	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	C	274	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	G	274	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
4	E	274	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
4	F	274	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	H	274	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
4	D	274	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	B	274	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	A	85	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	C	85	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	G	85	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
5	E	85	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	F	85	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
5	H	85	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	D	85	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	B	85	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	A	85	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	C	85	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	G	85	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	E	85	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	F	85	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	H	85	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	D	85	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	B	85	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	A	74	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	C	74	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
6	G	74	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	E	74	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	F	74	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	H	74	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	D	74	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	B	74	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	A	74	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	C	74	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	G	74	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	E	74	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	F	74	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
6	H	74	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	D	74	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	B	74	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
7	A	55	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
7	C	55	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	G	55	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	E	55	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
7	F	55	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	H	55	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	D	55	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
7	B	55	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	A	55	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
7	C	55	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
7	G	55	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
7	E	55	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
7	F	55	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
7	H	55	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
7	D	55	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
7	B	55	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
8	A	66	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
8	C	66	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	G	66	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	E	66	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	F	66	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
8	H	66	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	D	66	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	B	66	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
8	A	66	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
8	C	66	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
8	G	66	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
8	E	66	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
8	F	66	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
8	H	66	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
8	D	66	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
8	B	66	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
9	A	296	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	C	296	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	G	296	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
9	E	296	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	F	296	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	H	296	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	D	296	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	B	296	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
9	A	296	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
9	C	296	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
9	G	296	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
9	E	296	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
9	F	296	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
9	H	296	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
9	D	296	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
9	B	296	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
10	A	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	C	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	G	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	E	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	F	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	H	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	D	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	B	135	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
10	A	135	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
10	C	135	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
10	G	135	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
10	E	135	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
10	F	135	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
10	H	135	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
10	D	135	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
10	B	135	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
11	A	81	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
11	C	81	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
11	G	81	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
11	E	81	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
11	F	81	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
11	H	81	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
11	D	81	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
11	B	81	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
11	A	81	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
11	C	81	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
11	G	81	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
11	E	81	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
11	F	81	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
11	H	81	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
11	D	81	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
11	B	81	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
12	A	137	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
12	C	137	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
12	G	137	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
12	E	137	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
12	F	137	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
12	H	137	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
12	D	137	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
12	B	137	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
12	A	137	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
12	C	137	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
12	G	137	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
12	E	137	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
12	F	137	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
12	H	137	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
12	D	137	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
12	B	137	TIGHT THERMAL	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.995→3.072 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	133	-
R_work	0.349	2647	-
all	-	2780	-
obs	-	-	83.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2721	-1.0834	-0.3464	5.2599	-0.7527	17.0284	0.2226	0.1344	0.3326	-0.2123	-0.2177	0.4536	-0.0201	-0.2219	-0.005	-0.3687	-0.0036	-0.0552	-0.3246	-0.1517	-0.2174	29.5813	-45.8517	-30.562
2	3.3569	-2.1655	0.0406	10.8756	0.7804	11.0351	0.3524	0.4621	0.1546	-0.6442	-0.3797	-0.2232	0.1102	-0.0071	0.0273	-0.5338	-0.0356	0.0246	-0.2384	0.0415	-0.3188	32.7849	-49.23	-57.6537
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4	3.5297	-3.5093	-1.4056	15.6266	1.1668	4.2942	-0.2041	-0.6388	0.0171	0.4301	0.1828	-0.1294	-0.3351	-0.0207	0.0212	-0.1796	0.0111	-0.0258	-0.2089	-0.0726	-0.3178	32.6412	8.4602	-78.7288
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10	5.9623	0.1622	1.6803	3.4221	1.0949	13.7302	0.1297	0.0284	-0.3315	-0.0386	-0.075	0.0071	0.4687	0.3273	-0.0547	-0.4926	-0.0142	0.0536	-0.3809	-0.0155	-0.3098	19.8739	32.3391	-54.6523
11	7.3589	-3.5769	0.69	11.1111	-0.9389	6.2157	0.5983	0.5901	-0.3198	-1.3207	-0.3743	0.5762	-0.1161	0.0849	-0.224	0.0363	0.3392	-0.0792	-0.1695	-0.1201	-0.4185	13.6819	33.1214	-81.5265
12	3.83	-4.143	-0.795	9.536	5.7872	9.5115	0.0884	-0.238	-0.1361	-0.2784	-0.0429	-0.3362	0.3856	1.1239	-0.0454	-0.1669	0.1219	-0.0109	-0.15	0.0318	-0.2486	9.7605	56.1738	-69.7381
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19	7.2374	-2.1302	-0.2546	13.198	-2.6279	6.0228	0.0374	-0.1835	-0.1883	0.4092	0.263	0.297	-0.0208	-0.2499	-0.3004	-0.386	-0.0052	-0.0249	-0.2567	-0.023	-0.3073	16.0057	-23.0567	-53.7569
20	7.2364	0.2063	-0.3822	6.2678	-3.3001	15.7802	0.4444	-0.2291	0.8905	0.2032	0.0101	0.1521	-2.1958	-0.4745	-0.4546	0.458	0.3944	0.5073	-0.2762	-0.0665	-0.0727	8.5147	3.3354	-57.4518
21	1.2315	-2.6646	-0.2457	7.551	3.5068	13.9888	-0.1851	-0.2223	-0.349	0.5078	0.3	0.0609	-0.2137	-0.8982	-0.1149	-0.0361	0.0491	0.2882	-0.1146	0.2235	-0.167	7.4889	-10.5965	-79.1561
22	4.7001	-1.5504	-1.2541	2.633	-2.0007	14.1031	0.0081	-0.0187	0.3877	-0.3306	-0.3279	-0.0968	-0.5957	-0.1908	0.3198	-0.4069	-0.0839	-0.0383	-0.4037	-0.0409	-0.1557	44.612	-12.43	-52.1215
23	4.6397	-2.5666	2.3403	8.9626	-0.5611	9.6218	-0.3872	-0.3956	0.1718	0.5819	0.4706	-0.1305	0.019	-0.013	-0.0833	-0.3717	-0.0952	-0.0052	-0.3996	-0.0916	-0.3635	42.1426	-17.8311	-24.9741
24	3.7541	-3.6863	-1.9081	8.1186	3.2814	9.3589	-0.3922	0.1292	0.2718	0.1612	0.3255	-0.4823	-0.8154	0.2853	0.0667	-0.3073	-0.0804	-0.0023	-0.4085	-0.0184	-0.1911	59.062	-34.2836	-36.5193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	396 - 494
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	509 - 609
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	610 - 715
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	396 - 494
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	509 - 609
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	610 - 715
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	396 - 494
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	509 - 609
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	610 - 712
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	396 - 494
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	509 - 609
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	610 - 712
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	396 - 494
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	509 - 603
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	613 - 715
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	396 - 494
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	509 - 609
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	610 - 715
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	396 - 494
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	509 - 609
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	610 - 715
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	396 - 494
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	509 - 609
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	610 - 715

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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