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万見
- PDB-3fg5: Crystal structure determination of a ternary complex of phospholi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fg5
タイトルCrystal structure determination of a ternary complex of phospholipase A2 with a pentapeptide FLSYK and Ajmaline at 2.5 A resolution
要素
  • Group II Phospholipase A2
  • pentapeptide FLSYK
キーワードHYDROLASE / pla2 / pentapeptide / FLSYK / ajmaline / ternary complex
機能・相同性Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha / AJMALINE
機能・相同性情報
生物種Daboia russelli pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kumar, M. / Kumar, S. / Vikram, G. / Singh, N. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure determination of a ternary complex of phospholipase A2 with a pentapeptide FLSYK and Ajmaline at 2.5 A resolution
著者: Kumar, M. / Kumar, S. / Vikram, G. / Singh, N. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2008年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group II Phospholipase A2
C: pentapeptide FLSYK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5863
ポリマ－14,2882
非ポリマー2981
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.949, 52.949, 48.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Group II Phospholipase A2


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russelli pulchella (ヘビ) / 参照: phospholipase A2
#2: タンパク質・ペプチド pentapeptide FLSYK


分子量: 657.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED SHORT PEPTIDE
#3: 化合物 ChemComp-AJM / AJMALINE


分子量: 298.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N2O2 / コメント: 抗不整脈薬, alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF ENTITY 1 IS THE SAME WITH UNP P59071 PA28_DABRP, WHICH HAS DIFFERENT SOURCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 30% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月2日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 4639 / Num. obs: 4392 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
CNS精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZR8

1zr8


解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 247 -RANDOM
Rwork0.1876 ---
all0.227 4639 --
obs0.188 4392 93.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 98.14 Å2 / Biso min: 11.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.218 Å20 Å20 Å2
2---1.218 Å20 Å2
3---2.436 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数990 0 22 61 1073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5741.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3212.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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