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- PDB-3ffo: F17b-G lectin domain with bound GlcNAc(beta1-2)man -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ffo
タイトルF17b-G lectin domain with bound GlcNAc(beta1-2)man
要素Adhesin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / bacterial adhesin / lectin / bacterial attachment / pathogenesis / immunoglobulin fold / Cell projection / Fimbrium
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to host / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial adhesins - F17c-type / Fimbrial adhesin F17-AG, lectin domain / Fimbrial adhesin F17-AG, lectin domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / F17b-G fimbrial adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Buts, L. / De Boer, A. / Olsson, J.D.M. / Jonckheere, W. / De Kerpel, M. / De Genst, E. / Guerardel, Y. / Willaert, R. / Wyns, L. / Wuhrer, M. ...Buts, L. / De Boer, A. / Olsson, J.D.M. / Jonckheere, W. / De Kerpel, M. / De Genst, E. / Guerardel, Y. / Willaert, R. / Wyns, L. / Wuhrer, M. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Bouckaert, J.
引用ジャーナル: Biology (Basel) / 年: 2013
タイトル: Structural Sampling of Glycan Interaction Profiles Reveals Mucosal Receptors for Fimbrial Adhesins of Enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Lonardi, E. / Moonens, K. / Buts, L. / de Boer, A.R. / Olsson, J.D.M. / Weiss, M.S. / Fabre, E. / Guerardel, Y. / Deelder, A.M. / Oscarson, S. / Wuhrer, M. / Bouckaert, J.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年8月28日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.32014年12月17日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6536
ポリマ－18,8971
非ポリマー7565
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.389, 87.389, 56.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-263-

NI

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Adhesin


分子量: 18896.871 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate-binding domain, residues 23-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: F17b-G / プラスミド: pHD52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q47200
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 51分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 1.2M lithium sulphate, 10mM nickel chloride, 100mM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8453 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 14544 / Num. obs: 14544 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 43.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 1463 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: 1O9V

1o9v


解像度: 2.1→18.92 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.748 / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 位相誤差: 31.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1474 10.16 %random
Rwork0.233 ---
all0.237 14511 --
obs0.237 14511 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.712 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.42 Å2 / Biso mean: 49.846 Å2 / Biso min: 22.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.082 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.082 Å2-0 Å2
3----6.163 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 45 47 1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.971889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.309479
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.1680.3061230.2791176129999
2.168-2.2450.3671170.27812011318100
2.245-2.3350.3891420.30311681310100
2.335-2.4410.3851390.30411661305100
2.441-2.5690.371350.3111801315100
2.569-2.730.3731660.30111471313100
2.73-2.940.3341310.28211851316100
2.94-3.2340.3391260.26411931319100
3.234-3.6990.2621170.22112031320100
3.699-4.6490.2121550.18411751330100
4.649-18.9210.1791230.17812431366100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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