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- PDB-3ff1: Structure of Glucose 6-phosphate Isomerase from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ff1
タイトルStructure of Glucose 6-phosphate Isomerase from Staphylococcus aureus
要素Glucose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Alpha Beta / Rossmann fold / Glucose-6-phosphate isomerase like protein / Gluconeogenesis / Glycolysis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 ...Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUCOSE-6-PHOSPHATE / Glucose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of Glucose 6-phosphate Isomerase from Staphylococcus aureus
著者: Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Savchenko, A.
履歴
登録2008年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate isomerase
B: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4607
ポリマ－101,1082
非ポリマー3525
水25,3111405
1
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1544
ポリマ－101,1082
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11190 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
2
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

B: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

B: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,92114
ポリマ－202,2174
非ポリマー70410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z+1/41
crystal symmetry operation6_554x+1/2,-y+1/2,-z-1/41
Buried area25670 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area58100 Å2
手法PISA
3
B: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

B: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,76710
ポリマ－101,1082
非ポリマー6588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area10970 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area30500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.267, 163.267, 103.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1384-

HOH

21A-1387-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI


分子量: 50554.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: pgi, SACOL0966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HHC2, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-G6Q / GLUCOSE-6-PHOSPHATE


分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M Sodium Citrate, 0.1M Hepes pH 7.5, 10mM Glucose-6-Phosphate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 12.3 % / Av σ(I) over netI: 16.71 / 数: 2196924 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.46 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 178453 / % possible obs: 98.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.315099.910.0512.113.1
3.424.3110010.0622.22413.1
2.993.4210010.0781.75213.1
2.712.9910010.1091.61713.1
2.522.7110010.131.25113.1
2.372.5210010.1621.13813
2.252.3710010.2021.08612.9
2.152.2510010.2331.05612.7
2.072.1598.610.2781.03410.6
22.0790.210.3290.9698.1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 1674949 / Num. obs: 164480 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 16.711
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.715.10.401141891.005185.9
1.71-1.786.40.363160150.997196.6
1.78-1.867.60.3165561.029199.9
1.86-1.968.10.223166161.0051100
1.96-2.088.30.168166391.0061100
2.08-2.248.30.135166371.0091100
2.24-2.468.40.119167020.9891100
2.46-2.828.30.099167761.0181100
2.82-3.558.30.09169091.0011100
3.55-5080.083174410.965199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→46.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.181 / WRfactor Rwork: 0.153 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.066 / SU Rfree: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 8278 5 %RANDOM
Rwork0.146 156098 --
obs0.148 164376 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.12 Å2 / Biso mean: 19.399 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7042 0 20 1405 8467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0227375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.96310003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6435928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88625.41366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.239151300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6741526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.34824485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23737246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40322890
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.54432743
LS精密化 シェル解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 531 -
Rwork0.243 9647 -
all0.244 10178 -
obs--83.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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