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- PDB-3fey: Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fey
タイトルCrystal structure of the CBC-importin alpha complex.
要素
  • Importin subunit alpha-2
  • Nuclear cap-binding protein subunit 1
  • Nuclear cap-binding protein subunit 2
キーワードTRANSLATION / PROTEIN TRANSPORT / Cap binding complex / importin alpha / nuclear transport / mRNA transport / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Host-virus interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / regulation of DNA recombination ...positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / Sensing of DNA Double Strand Breaks / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / regulation of DNA recombination / cap-dependent translational initiation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / snRNA binding / RNA cap binding / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / alternative mRNA splicing, via spliceosome / primary miRNA processing / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of viral life cycle / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulation of mRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / nuclear localization sequence binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-end processing / mRNA cis splicing, via spliceosome / RNA catabolic process / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / regulation of translational initiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear import signal receptor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / FGFR2 alternative splicing / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Signaling by FGFR2 IIIa TM / DNA metabolic process / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / 7-methylguanosine mRNA capping / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of type I interferon production / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / mRNA export from nucleus / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA transcription by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / ISG15 antiviral mechanism / histone deacetylase binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / host cell / snRNP Assembly / positive regulation of cell growth / molecular adaptor activity / nuclear membrane / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / ciliary basal body / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) ...MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dias, S.M.G. / Ambrosio, A.L.B. / Cerione, R.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The molecular basis for the regulation of the cap-binding complex by the importins.
著者: Dias, S.M. / Wilson, K.F. / Rojas, K.S. / Ambrosio, A.L. / Cerione, R.A.
履歴
登録2008年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear cap-binding protein subunit 1
B: Nuclear cap-binding protein subunit 2
C: Importin subunit alpha-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,7683
ポリマ－160,7683
非ポリマー00
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area55980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.842, 104.505, 108.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclear cap-binding protein subunit 1 / Cap binding protein 80 / 80 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 80 kDa subunit / CBP80


分子量: 91960.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBP80, NCBP, NCBP1 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: Q09161
#2: タンパク質 Nuclear cap-binding protein subunit 2 / Cap binding protein 20 / 20 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 20 kDa subunit / CBP20 / NCBP- ...Cap binding protein 20 / 20 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 20 kDa subunit / CBP20 / NCBP-interacting protein 1 / NIP1 / Cell proliferation-inducing gene 55 protein


分子量: 18028.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBP20, NCBP2, PIG55 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: P52298
#3: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Importin alpha 1 / Karyopherin subunit alpha-2 / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1


分子量: 50779.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / プラスミド: PET 30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52292
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, pH 6.0, and 8% PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月5日
詳細: Triple striped vertical and horizantal focussing mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 87239 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.572 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N54 and 1IAL

1n54

1ial


解像度: 2.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 14.28 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23803 4376 5 %RANDOM
Rwork0.19159 ---
obs0.19395 82641 97.22 %-
all-89752 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å20 Å2-0.07 Å2
2--2.58 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10269 0 0 454 10723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.95814284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.98751286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85324.587484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.306151857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8021556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.24997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.27308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5321.56443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.024210468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73634078
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7774.53812
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 263 -
Rwork0.305 4851 -
obs--79.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.50588.5693.34718.87353.63531.6281-0.44370.7212-0.2787-0.5810.5953-0.3295-0.39520.163-0.15150.3808-0.0226-0.07130.1666-0.04490.331-11.3221-21.4994-2.5521
22.0995-0.6151-0.69383.08850.73355.0548-0.03640.3928-0.1057-0.30580.2511-0.03240.2375-0.2676-0.21470.1992-0.1173-0.07870.37460.07060.2535-6.829711.927721.5959
32.13170.22660.31070.73370.18123.92290.0769-0.33460.0626-0.01070.16310.39110.0429-1.007-0.240.1229-0.02260.01480.75090.21290.3262-20.532714.760839.3295
41.22480.15590.75580.945-0.26241.5672-0.0572-0.18680.10640.06530.13320.227-0.1834-0.5428-0.0760.15640.09040.05160.2510.06060.114-1.858723.720246.6356
51.7683-1.73120.66744.3112-0.98751.2988-0.1717-0.23450.03590.52640.1443-0.3443-0.10530.04260.02740.27480.0126-0.04340.2668-0.00520.076730.03157.276270.5572
60.7702-0.3641-0.12741.96160.69471.0278-0.02110.0562-0.18670.05110.05330.16910.1191-0.2621-0.03220.22120.03340.060.44460.12110.09875.37641.06567.688
740.300515.7669-18.87166.2391-8.359522.52981.87030.07152.75430.50930.01471.11512.30390.5032-1.8850.85540.2536-0.04060.5275-0.13670.241917.29421.918133.2265
80.1805-1.7823-0.567481.617524.3077.2485-0.31120.3879-0.221-0.22560.04610.73820.0124-0.09020.26510.925-0.71170.28091.9615-0.43110.474119.6425-6.627735.4715
92.49750.6709-1.19182.89051.12846.61210.0651-0.1589-0.16280.21520.0241-0.11870.3840.6952-0.08930.25010.07690.00250.23860.05640.13128.04567.957949.4388
109.91740.0304-5.01799.3215-2.39117.3981-0.0062-0.6247-0.06030.1407-0.2294-0.9430.65371.9240.23550.29430.21490.01750.61820.02470.21435.40642.829647.9265
115.4463-0.3116-1.49971.9552-1.01933.8138-0.0643-0.0127-0.0872-0.12720.06150.04940.34180.09420.00280.230.03460.01690.20080.00140.102322.58057.879143.9759
122.96480.49965.20252.86610.74219.28670.68480.7355-0.3377-0.1064-0.2022-0.39531.4741.4666-0.48260.65340.39950.16460.546-0.00250.388832.8666-3.748342.4122
135.31514.2403-1.49997.2537-0.59490.68920.3947-0.2249-0.59990.3529-0.3377-1.094-0.16590.1989-0.0570.2575-0.1483-0.13070.1926-0.04270.518714.6955-4.21455.6506
144.7242.62480.52296.1963-0.39413.4520.4405-0.3635-0.71480.565-0.2109-1.2801-0.2480.0774-0.22960.2468-0.106-0.21870.08350.03160.49714.0785-19.08799.9192
153.39111.79830.78682.91510.71072.22390.207-0.3169-0.1660.365-0.1119-0.4686-0.1386-0.0642-0.09510.354-0.0525-0.06930.1071-0.00220.2246-16.5146-27.86538.0167
167.99421.1352-2.31175.60231.61847.4575-0.1459-0.0440.4474-0.0042-0.0782-0.0537-0.738-0.25150.22410.38540.0607-0.04950.1688-0.03890.1842-30.1027-20.4766-2.8824
172.54450.41481.62941.78450.7253.0288-0.01-0.01920.1209-0.0266-0.00970.0575-0.2992-0.44640.01980.18810.01880.01890.174-0.03250.0942-36.2635-32.2629-9.4753
185.34891.4487-1.52581.9525-0.79136.9574-0.06320.164-0.1104-0.13550.11050.17490.2708-0.7424-0.04730.1781-0.014-0.02880.1512-0.03080.1507-39.6374-39.0859-25.329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3A94 - 196
4X-RAY DIFFRACTION4A197 - 426
5X-RAY DIFFRACTION5A427 - 606
6X-RAY DIFFRACTION6A607 - 790
7X-RAY DIFFRACTION7B12 - 32
8X-RAY DIFFRACTION8B33 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9B40 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10B67 - 84
11X-RAY DIFFRACTION11B85 - 114
12X-RAY DIFFRACTION12B115 - 126
13X-RAY DIFFRACTION13C69 - 135
14X-RAY DIFFRACTION14C136 - 224
15X-RAY DIFFRACTION15C225 - 339
16X-RAY DIFFRACTION16C340 - 354
17X-RAY DIFFRACTION17C355 - 434
18X-RAY DIFFRACTION18C435 - 499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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