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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fe9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a pheromone binding protein from Apis mellifera with a serendipitous ligand soaked at pH 7.0 | ||||||
![]() | Pheromone-binding protein ASP1 | ||||||
![]() | Pheromone binding protein / honey bee / Apis mellifera / signal transduction / queen mandibular protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() dibutyl phthalate binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Queen bee pheromone binding protein pH induced domain-swapping favors pheromone release 著者: Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C. #1: ![]() タイトル: Structural basis of the honey bee PBP pheromone and pH-induced conformational change 著者: Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 684.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 688.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13194.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-144 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CMJ / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月24日 / 詳細: tiroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→41.96 Å / Num. all: 16926 / Num. obs: 16926 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 21.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2441 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2H8V 解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.743 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.954 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.089 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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