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- PDB-3fds: Structural insight into recruitment of translesion DNA polymerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fds
タイトルStructural insight into recruitment of translesion DNA polymerase Dpo4 to sliding clamp PCNA
要素
  • (DNA polymerase sliding clamp ...) x 2
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE / Protein-protein complex / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Magnesium / Metal-binding / Mutator protein / Nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA polymerase sliding clamp 1 / DNA polymerase IV / DNA polymerase sliding clamp 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ling, H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Structural insight into recruitment of translesion DNA polymerase Dpo4 to sliding clamp PCNA
著者: Xing, G. / Kirouac, K. / Shin, Y.J. / Bell, S.D. / Ling, H.
履歴
登録2008年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
C: DNA polymerase sliding clamp B
D: DNA polymerase sliding clamp C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,74836
ポリマ－95,2573
非ポリマー2,49133
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.986, 86.414, 97.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 40257.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

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DNA polymerase sliding clamp ... , 2種, 2分子 CD

#2: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp B / Proliferating cell nuclear antigen homolog B / PCNA B


分子量: 27521.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnB, pcnA-2, SSO0397, C41_008 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P57766
#3: タンパク質 DNA polymerase sliding clamp C / Proliferating cell nuclear antigen homolog C / PCNA C


分子量: 27477.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: pcnC, pcnA-2, SSO1047 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97Z84

-
非ポリマー , 6種, 350分子

#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG3350, 125mM LiCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97902 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日
放射モノクロメーター: Inserted device / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→100 Å / Num. all: 65842 / Num. obs: 64500 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.434
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2897 / Χ2: 0.987 / % possible all: 89.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å26.31 Å
Translation2.7 Å26.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1jx4 and 2ijx

1jx4

2ijx


解像度: 2.05→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.19 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.834 / SU B: 10.406 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / SU Rfree: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1300 2 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 63377 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.86 Å2 / Biso mean: 46.673 Å2 / Biso min: 15.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20.81 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6650 0 162 317 7129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0227083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.9979495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9455889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53824.271295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.931151362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0811546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8011.54300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45827017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77832783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3044.52464
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 84 -
Rwork0.253 4309 -
all-4393 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0657-3.1879-3.00075.62083.68636.0011-0.1699-0.94430.48820.4060.0567-0.02130.2656-0.04150.1132-0.09950.09280.0031-0.0107-0.1435-0.2215-5.48229.515-11.427
26.1634-0.4-1.16586.6803-1.82386.9164-0.2435-1.1966-1.65720.94440.41062.33030.7961-1.8445-0.16720.3207-0.09150.21970.59110.27861.2151-11.009-4.039-11.761
34.6873-2.74210.22225.7256-0.50973.04340.24280.1156-0.5214-0.4178-0.11410.21520.3017-0.1362-0.1287-0.16370.0517-0.0284-0.2069-0.024-0.25554.0239.99-24.435
43.0409-0.4569-1.62076.15484.30478.6066-0.31160.0768-0.21020.37410.1453-0.11390.7479-0.24470.1663-0.1331-0.06750.0524-0.2184-0.0569-0.1047-23.57-2.946-49.465
54.4303-2.12-0.27616.78917.212320.31460.2197-0.5599-0.24840.70040.4226-0.8251.0032.6636-0.64230.00730.06940.02880.58550.00310.1118-21.359.816-18.058
62.82570.5252-1.23582.2177-2.6047.78460.0243-0.8425-0.44260.12010.15150.14140.0189-0.1872-0.1758-0.16010.00940.0210.170.2396-0.1299-43.9514.056-3.107
72.7002-0.4136-0.19892.6263-1.51035.09960.1004-0.37860.16930.353-0.04-0.1284-0.6630.5499-0.0604-0.1246-0.1030.0534-0.1168-0.002-0.2134-35.06520.899-22.217
83.61261.2150.76652.8062-0.2542.4357-0.19450.27260.2888-0.18820.13290.2879-0.12250.11590.0616-0.1341-0.02980.0334-0.22770.0997-0.0762-50.21126.096-48.543
910.65172.25141.32452.4823-0.27951.3093-0.08910.89681.1056-0.24570.05630.73260.07480.04730.0328-0.0528-0.01630.0175-0.20140.0420.0423-64.32419.962-56.058
106.59324.85250.21237.422-0.06561.5924-0.3490.72010.8444-0.56590.39121.341-0.0757-0.1094-0.0422-0.0698-0.0386-0.0728-0.12660.06320.2121-73.67815.868-55.996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A173 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION3A78 - 172
5X-RAY DIFFRACTION4A240 - 341
6X-RAY DIFFRACTION5A342 - 351
7X-RAY DIFFRACTION6C1 - 122
8X-RAY DIFFRACTION7C123 - 249
9X-RAY DIFFRACTION8D1 - 111
10X-RAY DIFFRACTION9D112 - 146
11X-RAY DIFFRACTION10D147 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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