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- PDB-3fdm: alpha/beta foldamer in complex with Bcl-xL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdm
タイトルalpha/beta foldamer in complex with Bcl-xL
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-X
  • alpha/beta-peptide foldamer
キーワードAPOPTOSIS / protein-peptide complex / helical bundle / foldamer / Alternative splicing / Membrane / Mitochondrion / Nucleus / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / RAS processing / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Fairlie, W.D. / Lee, E.F. / Smith, B.J. / Czabotar, P.E. / Colman, P.M. / Sadowsky, J.D. / Peterson-Kaufman, K.J. / Gellman, S.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: High-Resolution Structural Characterization of a Helical alpha/beta-Peptide Foldamer Bound to the Anti-Apoptotic Protein Bcl-x(L)
著者: Lee, E.F. / Sadowsky, J.D. / Smith, B.J. / Czabotar, P.E. / Peterson-Kaufman, K.J. / Colman, P.M. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2008年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-X
B: Apoptosis regulator Bcl-X
C: Apoptosis regulator Bcl-X
D: alpha/beta-peptide foldamer
E: alpha/beta-peptide foldamer
F: alpha/beta-peptide foldamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,67817
ポリマ－58,9956
非ポリマー68311
水5,188288
1
A: Apoptosis regulator Bcl-X
B: Apoptosis regulator Bcl-X
D: alpha/beta-peptide foldamer
E: alpha/beta-peptide foldamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,01315
ポリマ－39,3304
非ポリマー68311
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9890 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
2
C: Apoptosis regulator Bcl-X
F: alpha/beta-peptide foldamer

C: Apoptosis regulator Bcl-X
F: alpha/beta-peptide foldamer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3304
ポリマ－39,3304
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area8080 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.161, 92.281, 165.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-X / Bcl-xL / Bcl-2-like 1 protein


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 3 / 断片: residue 1-209, Deletion of amino acids 27 to 82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Bcl-x / プラスミド: pGEX-6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド alpha/beta-peptide foldamer


分子量: 1747.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細BCL-XL WITH AMINO ACIDS 27 TO 82 DELETED AND A C-TERMINAL TRUNCATION OF THE LAST 24 RESIDUES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M Lithium Nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月23日 / 詳細: AXCO Capillary optic
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 26633 / Num. obs: 25355 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 38.6
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 13.1 / Num. unique all: 2611 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P1L without Beclin BH3 ligand

2p1l


解像度: 2.26→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 5.17 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23483 1299 5.1 %RANDOM
Rwork0.17233 ---
all0.17561 25236 --
obs0.17561 24020 95.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3891 0 44 288 4223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.9525411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.125474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83123.702208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.74615636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1031531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7941.52383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50923795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41931635
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8344.51615
LS精密化 シェル解像度: 2.262→2.32 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 81 -
Rwork0.159 1639 -
obs--90.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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