PDB-3fd4: Crystal Structure of Epstein-Barr virus gp42 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fd4

タイトル

Crystal Structure of Epstein-Barr virus gp42 protein

要素

Glycoprotein gp42

キーワード

VIRAL PROTEIN / C type lectin / herpesvirus / Virus entry / membrane fusion / Host-virus interaction / Lectin / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / carbohydrate binding / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kirschner, A. / Jardetzky, T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 42 suggests a mechanism for triggering receptor-activated virus entry.
著者: Kirschner, A.N. / Sorem, J. / Longnecker, R. / Jardetzky, T.S.

履歴

登録	2008年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fd4.cif.gz	78.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fd4.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fd4_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fd4_full_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示
XML形式データ	3fd4_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	3fd4_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kg0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gko-d 1skq-2 5x1u-d 3l82-d 5swm-d 5ntk-d 4op9-d 2pes-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycoprotein gp42

B: Glycoprotein gp42

43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Glycoprotein gp42

登録者が定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Glycoprotein gp42

登録者が定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.792, 67.469, 79.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	88 - 167	56 - 135
2	1	PHE	PHE	TYR	TYR	B	B	88 - 167	56 - 135
1	2	TRP	TRP	SER	SER	A	A	174 - 221	142 - 189
2	2	TRP	TRP	SER	SER	B	B	174 - 221	142 - 189

#1: タンパク質	Glycoprotein gp42 分子量: 21626.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (strain B95-8) (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: BZLF2 / プラスミド: pbacgus-3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03205
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 詳細: 30% PEG-3000, 100 mM CHES pH 9.5, 10 mM YCl3, 25 mM tris pH 7.5, 150 mM NaCl, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.72505
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.72505 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.73 Å / Num. all: 14237 / Num. obs: 14139 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 4.4 / Observed criterion σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KG0

1kg0

解像度: 2.4→46.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.268 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24226	629	4.5 %	RANDOM
R_work	0.21548	-	-	-
obs	0.21666	13445	99.55 %	-
all	-	14237	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2318	0	0	281	2599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.708	1.915	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.13	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.37	22.963	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.621	15	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	38.216	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.163	0.3	430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.3	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.5	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.159	0.5	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.225	0.3	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.202	0.3	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.778	1.5	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.794	2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.342	2	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.308	3	978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.939	4.5	955
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1766 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.05	0.05
tight thermal	0.47	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	45	-
R_work	0.26	951	-
obs	-	-	99.2 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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