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万見
- PDB-3fbz: Crystal structure of ORF140 of the archaeal virus Acidianus Filam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fbz
タイトルCrystal structure of ORF140 of the archaeal virus Acidianus Filamentous Virus 1 (AFV1)
要素Putative uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / archaeal virus / extremophiles / lipothrixviridae
機能・相同性Filamentous archaeal viruses coat protein, C-terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #800 / helical viral capsid / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / DNA binding / Mainly Alpha / Major capsid protein 1
機能・相同性情報
生物種Acidianus Filamentous Virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Goulet, A. / Prangishvili, D. / van Tilbeurgh, H. / Campanacci, V. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Acidianus filamentous virus 1 coat proteins display a helical fold spanning the filamentous archaeal viruses lineage.
著者: Goulet, A. / Blangy, S. / Redder, P. / Prangishvili, D. / Felisberto-Rodrigues, C. / Forterre, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.
履歴
登録2008年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,19514
ポリマ－63,7854
非ポリマー2,41010
水4,378243
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2392
ポリマ－15,9461
非ポリマー2921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8595
ポリマ－15,9461
非ポリマー9134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8234
ポリマ－15,9461
非ポリマー8773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2743
ポリマ－15,9461
非ポリマー3282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19150 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.158, 81.150, 119.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein / ORF140


分子量: 15946.292 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidianus Filamentous Virus 1 (ウイルス)
遺伝子: AFV1_ORF140 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q70LC6
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 17% PEG 550 MME, 0.1M Sodium Cacodylate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 25779 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3569 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 13.325 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25475 1047 4.1 %RANDOM
Rwork0.18539 ---
obs0.1882 24567 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3992 0 162 243 4397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.9915773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.985511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24725.979189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50515727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5921511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023063
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.22945
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2470.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6311.52548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01924052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85331958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8284.51709
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 76 -
Rwork0.207 1651 -
obs-1651 93.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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