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- PDB-1gd2: CRYSTAL STRUCTURE OF BZIP TRANSCRIPTION FACTOR PAP1 BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gd2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BZIP TRANSCRIPTION FACTOR PAP1 BOUND TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
  • TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
キーワードtranscription/DNA / basic leucine zipper / protein-DNA complex / transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding, bending / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor PAP1 / Yap1 redox domain superfamily / Transcription factor PAP1 / : / bZIP transcription factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain ...Transcription factor PAP1 / Yap1 redox domain superfamily / Transcription factor PAP1 / : / bZIP transcription factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / AP-1-like transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujii, Y. / Shimizu, T. / Toda, T. / Yanagida, M. / Hakoshima, T.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the diversity of DNA recognition by bZIP transcription factors.
著者: Fujii, Y. / Shimizu, T. / Toda, T. / Yanagida, M. / Hakoshima, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallographic characterization of Pap1-DNA complex
著者: Fujii, Y. / Ohira, T. / Kyogoku, Y. / Toda, T. / Yanagida, M. / Hakoshima, T.
履歴
登録2000年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
E: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
F: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
G: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
H: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
I: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
J: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,04710
ポリマ－66,04710
非ポリマー00
水14,970831
1
A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
E: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
F: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6664
ポリマ－24,6664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')
G: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
H: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6664
ポリマ－24,6664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1
J: TRANSCRIPTION FACTOR PAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7152
ポリマ－16,7152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)240.910, 240.910, 43.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Cell settingrhombohedral
Space group name H-MH3
詳細The biological assmbly is a dimer constructed from chain E and F, chain G and H, and chain I and J.

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3975.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
TRANSCRIPTION FACTOR PAP1 / AP-1-LIKE TRANSCRIPTION FACTOR


分子量: 8357.505 Da / 分子数: 6 / Fragment: LEUCINE ZIPPER DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01663
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 6000, KCl, MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2KCl11
3PEG 600011
4PEG 600012
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21
31
41

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.6 Å / Num. all: 127588 / Num. obs: 53501 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Num. unique all: 3856 / % possible all: 60.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 5430 10 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs-53446 83.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 1056 0 831 4287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg18.88
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.277
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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