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- PDB-3f8r: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus Thioredoxin reductas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f8r
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus Thioredoxin reductase B3 in complex with two NADP molecules
要素Thioredoxin reductase (TrxB-3)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Redox protein / nucleotide binding / FAD / Flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase / thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADH oxidase/thioredoxin reductase / Thioredoxin reductase (TrxB-3)
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ruggiero, A. / Masullo, M. / Ruocco, M.R. / Arcari, P. / Zagari, A. / Vitagliano, L.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Structure and stability of a thioredoxin reductase from Sulfolobus solfataricus: a thermostable protein with two functions
著者: Ruggiero, A. / Masullo, M. / Ruocco, M.R. / Grimaldi, P. / Lanzotti, M.A. / Arcari, P. / Zagari, A. / Vitagliano, L.
履歴
登録2008年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
B: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
C: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
D: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,01412
ポリマ－141,0674
非ポリマー5,9478
水6,485360
1
A: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
B: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5076
ポリマ－70,5332
非ポリマー2,9744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9160 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
2
C: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
D: Thioredoxin reductase (TrxB-3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5076
ポリマ－70,5332
非ポリマー2,9744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.871, 123.425, 127.435
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Thioredoxin reductase (TrxB-3)


分子量: 35266.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W27, UniProt: Q8X236*PLUS, EC: 1.6.4.5
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 12-15% (w/v) poly-ethylene glycol 2000 monomethyl ether (PEG mmE 2000), 0.1M (NH4)2SO4, 50 mM sodium acetate (pH 4.6), Protein 4-9 mg/ml, protein/NADP=1/100, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 80365 / Num. obs: 80365 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.339 / % possible all: 73.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F8P

3f8p


解像度: 1.95→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 5894 Random
Rwork0.208 --
all0.217 76826 -
obs0.217 76826 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9383 0 315 360 10058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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