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万見
- PDB-3f8b: Crystal structure of the multidrug binding transcriptional regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f8b
タイトルCrystal structure of the multidrug binding transcriptional regulator LmrR in drug free state
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Winged helix turn helix
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional regulator, PadR-like family
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Madoori, P.K. / Agustiandari, H. / Driessen, A.J.M. / Thunnissen, A.-M.W.H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structure of the transcriptional regulator LmrR and its mechanism of multidrug recognition.
著者: Madoori, P.K. / Agustiandari, H. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M.
履歴
登録2008年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9572
ポリマ－26,9572
非ポリマー00
水1,49583
1
A: Transcriptional regulator, PadR-like family

A: Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9572
ポリマ－26,9572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator, PadR-like family

B: Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9572
ポリマ－26,9572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_754-x+2,y,-z-1/21
Buried area2300 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.669, 52.695, 174.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family / transcription regulator LmrR


分子量: 13478.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
株: MG1363 / 遺伝子: lmrR / プラスミド: pNSC8048 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: A2RI36
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 1500, 0.1M propionic acid, cacodylate, Bis-Tris propane (PCB buffer), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→87.499 Å / Num. all: 14971 / Num. obs: 14971 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 4.414
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.117.80.5031.41675121480.50399.3
2.11-2.247.90.3342.11607920260.33499.5
2.24-2.397.90.2812.51513119210.28199.6
2.39-2.587.90.2223.21413417970.22299.7
2.58-2.837.80.1783.91275316330.17899.8
2.83-3.167.70.1275.21178315220.12799.9
3.16-3.657.50.0956.71013513440.09599.9
3.65-4.477.40.0738858211610.073100
4.47-6.3270.0597.663519020.05999.5
6.32-35.016.70.04910.737095520.04999.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.33 Å
Translation2.5 Å23.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ESH, 1YYV, 1XMA

2esh

1yyv

1xma


解像度: 2→87.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.259 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.803 / SU B: 9.879 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / SU Rfree: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: AUTHOR CHECKED USING MOLPROBITY AND IN COOT FOR TORSION ANGLES OUTSIDE AND ALL RESIDUES ARE WITHIN THE ALLOWED CONFORMATIONS. THERE ARE NO OUTLIERS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 756 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.221 14971 --
obs0.221 14961 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 38.35 Å2 / Biso mean: 15.38 Å2 / Biso min: 2.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→87.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 0 83 1775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.9542302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.6275203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.14424.44490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.32715335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21201
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7191.51068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12521624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7933776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7654.5678
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 50 -
Rwork0.218 1045 -
all-1095 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46256.2263-0.929326.7949-1.600819.92610.0874-0.1150.28620.5849-0.2696-1.25510.17361.37190.18220.06290.0278-0.06190.2509-0.03230.281926.11646.5983-4.2209
22.9415-2.6545-0.64553.43810.41581.4402-0.01560.03330.19940.0513-0.0872-0.0652-0.184-0.02360.10280.073-0.0201-0.00340.0791-0.03130.074117.6775-0.0568-16.9532
311.8339-4.16091.43094.263-0.67211.15380.1467-0.28460.54130.1578-0.12210.1779-0.1578-0.1389-0.02460.04490.00710.06690.0813-0.05970.138323.73135.2708-16.0114
43.30911.1395-1.1313.23060.09085.80520.01850.08320.1784-0.11090.0668-0.1926-0.14130.2063-0.08530.0560.00780.00370.035-0.01960.10325.5935-9.9834-18.5617
53.6876-4.9288-6.81377.01539.074512.5923-0.01160.2195-0.1168-0.1832-0.19480.148-0.0233-0.40650.20640.098-0.04530.00130.1393-0.01640.094411.9032-5.24255.0518
64.07093.28591.36265.3184-5.685317.7233-0.3879-0.17021.0082-0.49280.7443-0.4393-1.90610.5293-0.35630.50580.0820.21230.2213-0.02720.367452.49214.3387-40.1625
73.4019-1.6784-2.01752.62231.48671.89650.09690.2015-0.10840.1247-0.1214-0.06270.13320.04110.02460.0645-0.0066-0.00750.0599-0.01070.042947.7016-3.6097-26.3891
88.4887-1.09341.90832.2852-0.0611.6055-0.12660.0984-0.1133-0.06670.00720.0084-0.00710.00330.11940.11310.01960.02810.0665-0.02010.054946.89796.4806-28.4406
92.4380.54940.0312.97682.55449.84480.0279-0.06740.21740.2374-0.10010.10740.2913-0.25520.07220.0653-0.04870.02020.05030.01410.095936.56470.2117-24.2947
1012.3987-0.6186-7.36865.71144.972514.28430.1228-0.4379-0.61250.1489-0.2088-0.07780.16730.00210.08590.0619-0.0231-0.03650.08090.10410.025543.4583-10.5306-53.1367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3A41 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4A56 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5A89 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6B6 - 11
7X-RAY DIFFRACTION7B12 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8B43 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9B62 - 95
10X-RAY DIFFRACTION10B96 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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