PDB-2lm2: NMR structures of the transmembrane domains of the AChR b2 subunit

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lm2

タイトル

NMR structures of the transmembrane domains of the AChR b2 subunit

要素

Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Acetylcholine receptor / Transmembrane domain

機能・相同性

機能・相同性情報

vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / quaternary ammonium group binding / synaptic transmission involved in micturition / optic nerve morphogenesis / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / central nervous system projection neuron axonogenesis ...vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / quaternary ammonium group binding / synaptic transmission involved in micturition / optic nerve morphogenesis / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / central nervous system projection neuron axonogenesis / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / cholinergic synapse / regulation of dopamine metabolic process / acetylcholine-gated channel complex / positive regulation of dopamine secretion / negative regulation of action potential / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / cation channel complex / acetylcholine binding / nervous system process / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor complex / postsynaptic specialization membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of synapse assembly / heterocyclic compound binding / regulation of dopamine secretion / social behavior / associative learning / B cell activation / plasma membrane raft / membrane depolarization / smooth muscle contraction / monoatomic ion transport / positive regulation of B cell proliferation / sensory perception of pain / visual perception / learning / locomotory behavior / response to nicotine / sensory perception of sound / response to cocaine / visual learning / memory / cognition / calcium ion transport / presynaptic membrane / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / response to ethanol / response to hypoxia / neuron projection / external side of plasma membrane / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model 17

データ登録者

Bondarenko, V. / Mowrey, D. / Tillman, T. / Cui, T. / Liu, L.T. / Xu, Y. / Tang, P.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: NMR structures of the transmembrane domains of the a4b2 nAChR.
著者: Bondarenko, V. / Mowrey, D. / Tillman, T. / Cui, T. / Liu, L.T. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2011年11月18日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lm2.cif.gz	957.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lm2.ent.gz	822.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/2lm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/2lm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2llyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f8b-1 6oml-d 3ufe-d 3nzn-d 3on2-1 3qv0-d 2h5f-d 7czm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18096

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (11) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2 分子量: 15085.798 Da / 分子数: 1 断片: Helical transmembrane region, residues 234-330 and residues 458-484 変異: R231E, R232E, K233E, L292S, V294S, L296S, K299E, T327E 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17787

#1: タンパク質

Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2

分子量: 15085.798 Da / 分子数: 1
断片: Helical transmembrane region, residues 234-330 and residues 458-484
変異: R231E, R232E, K233E, L292S, V294S, L296S, K299E, T327E
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNB2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17787

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	1	3D 1H-15N NOESY
1	3	1	3D 1H-13C NOESY
1	4	1	3D HNCA
1	5	1	3D HN(CO)CA
1	6	1	3D HNCO
1	7	1	2D 1H-15N HSQC
1	8	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 5 mM sodium acetate, 1.5 % LDAO, 0.1 mM DSS, 5 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium chloride, 20 mM beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.25 mM	entity-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
5 mM	sodium acetate-2		1
1.5 %	LDAO-3		1
0.1 mM	DSS-4		1
5 %	D2O-5	[U-100% 2H]	1
10 mM	sodium chloride-6		1
20 mM	beta-mercaptoethanol-7		1

試料状態

pH: 4.65 / 圧: ambient / 温度: 318 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	900	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 766 / NOE intraresidue total count: 328 / NOE long range total count: 35 / NOE medium range total count: 114 / NOE sequential total count: 289 / Hydrogen bond constraints total count: 292 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 92 / Protein psi angle constraints total count: 92

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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