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Yorodumi- PDB-3f8b: Crystal structure of the multidrug binding transcriptional regula... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f8b | ||||||
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Title | Crystal structure of the multidrug binding transcriptional regulator LmrR in drug free state | ||||||
Components | Transcriptional regulator, PadR-like family | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / Winged helix turn helix | ||||||
Function / homology | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional regulator, PadR-like family Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactococcus lactis subsp. cremoris (lactic acid bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Madoori, P.K. / Agustiandari, H. / Driessen, A.J.M. / Thunnissen, A.-M.W.H. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2009 Title: Structure of the transcriptional regulator LmrR and its mechanism of multidrug recognition. Authors: Madoori, P.K. / Agustiandari, H. / Driessen, A.J. / Thunnissen, A.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3f8b.cif.gz | 57.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3f8b.ent.gz | 41.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3f8b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3f8b_validation.pdf.gz | 432.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3f8b_full_validation.pdf.gz | 436.1 KB | Display | |
Data in XML | 3f8b_validation.xml.gz | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3f8b_validation.cif.gz | 13.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3f8cC 3f8fC 1xmaS 1yyvS 2eshS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13478.371 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactococcus lactis subsp. cremoris (lactic acid bacteria) Strain: MG1363 / Gene: lmrR / Plasmid: pNSC8048 / Production host: Lactococcus lactis (lactic acid bacteria) / Strain (production host): NZ9000 / References: UniProt: A2RI36 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30% PEG 1500, 0.1M propionic acid, cacodylate, Bis-Tris propane (PCB buffer), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→87.499 Å / Num. all: 14971 / Num. obs: 14971 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 4.414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ESH, 1YYV, 1XMA Resolution: 2→87.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.259 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.803 / SU B: 9.879 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / SU Rfree: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.196 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: AUTHOR CHECKED USING MOLPROBITY AND IN COOT FOR TORSION ANGLES OUTSIDE AND ALL RESIDUES ARE WITHIN THE ALLOWED CONFORMATIONS. THERE ARE NO OUTLIERS.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 38.35 Å2 / Biso mean: 15.38 Å2 / Biso min: 2.91 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→87.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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