+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f7x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a putative polyketide cyclase (pp0894) from pseudomonas putida kt2440 at 1.24 A resolution | ||||||
要素 | Putative polyketide cyclase | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Conserved hypothetical protein CHP02096 / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.24 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Putative polyketide cyclase. (NP_743055.1) from PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 at 1.24 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f7x.cif.gz | 79 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3f7x.ent.gz | 61.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f7x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3f7x_validation.pdf.gz | 448.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3f7x_full_validation.pdf.gz | 450.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3f7x_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3f7x_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17381.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 遺伝子: NP_743055.1, PP0894, PP_0894 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q88PF6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG, WITH THE ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.24 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 5.0000% PEG-6000, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645,0.97967 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月11日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.24→40.096 Å / Num. obs: 35808 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.24→40.096 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 1.191 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.038 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ETHYLENE GLYCOL USED AS A CRYOPROTECTANT WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. TWO UN-IDENTIFIED LIGANDS (UNL 1 AND UNL 2) WERE MODELED INTO THE PUTATIVE ACTIVE SITE. 6. THE REGION SURROUNDING THE SIDECHAINS OF GLU 51 AND ARG 55 CONTAINS UNEXPLAINED DIFFERENCE ELECTRON DENSITIES THAT COULD NOT BE RELIABLY MODELED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.65 Å2 / Biso mean: 16.437 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→40.096 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.24→1.273 Å / Total num. of bins used: 20
|