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- PDB-3f7r: First pair of Fibronectin type III domains and part of the connec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7r
タイトルFirst pair of Fibronectin type III domains and part of the connecting segment of the integrin beta4
要素Integrin beta-4
キーワードCELL ADHESION / INTEGRIN / HEMIDESMOSOME / CARCINOMA / EPIDERMOLYSIS BULLOSA / Alternative splicing / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


trophoblast cell migration / Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / skin morphogenesis / Laminin interactions / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation ...trophoblast cell migration / Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / skin morphogenesis / Laminin interactions / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation / integrin complex / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / cell leading edge / basement membrane / basal plasma membrane / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / G protein-coupled receptor binding / cell motility / autophagy / cell-cell adhesion / response to wounding / integrin binding / cell junction / nuclear membrane / receptor complex / cell adhesion / focal adhesion / nucleolus / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-4 subunit / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / CalX-like domain superfamily / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin beta-4 subunit / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / CalX-like domain superfamily / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Integrin beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.036 Å
データ登録者de Pereda, J.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the interaction between integrin alpha6beta4 and plectin at the hemidesmosomes
著者: de Pereda, J.M. / Lillo, M.P. / Sonnenberg, A.
履歴
登録2008年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9065
ポリマ－27,5961
非ポリマー3104
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.500, 42.150, 56.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Integrin beta-4 / GP150


分子量: 27595.871 Da / 分子数: 1 / 断片: Fibronectin type-III, residues 1126-1370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB4 / プラスミド: Derivative of pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16144
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 2 IN THE DATABASE, ITB4_HUMAN, RESPECTIVELY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Cacodylate, 18.75% PEG 600, 6.25% Glycerol, 0.7M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月26日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.036→35.674 Å / Num. all: 19573 / Num. obs: 19563 / % possible obs: 98.17 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.036→2.11 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QG3

1qg3


解像度: 2.036→35.674 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2149 998 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 18565 --
all0.178 19567 --
obs0.178 19563 98.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.661 Å2 / ksol: 0.432 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 107.53 Å2 / Biso mean: 26.53 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5456 Å20 Å2-0.2221 Å2
2--6.1672 Å20 Å2
3----2.1554 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.036→35.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 5 156 3536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.136228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.599883
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0361-2.14350.28141400.24872506X-RAY DIFFRACTION94
2.1435-2.27770.24071270.18652635X-RAY DIFFRACTION98
2.2777-2.45360.21151420.17322644X-RAY DIFFRACTION98
2.4536-2.70040.21861250.16362660X-RAY DIFFRACTION99
2.7004-3.0910.1941560.15162659X-RAY DIFFRACTION99
3.091-3.89350.17251540.14622692X-RAY DIFFRACTION100
3.8935-35.67980.21651540.17182769X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0685-0.2881-0.3846-0.04190.44770.809-0.0099-0.03820.08250.0503-0.04-0.031-0.0339-0.2724-0.00040.1769-0.0071-0.00760.17080.01290.1251-12.3166-2.951444.2208
20.87340.00760.40.551-0.46160.4492-0.0286-0.0523-0.26140.033-0.0089-0.12780.03530.201500.1181-0.01810.00790.17320.00140.1815-21.6132-16.12697.2893
30.1679-0.00980.07390.1444-0.02180.06680.0901-0.0584-0.0556-0.11350.05050.0935-0.2721-0.0608-0.00010.1812-0.00710.0010.17390.05420.274-28.8039-12.03555.2536
40.14210.1675-0.20940.3343-0.10020.0193-0.1704-0.0733-0.3032-0.23880.0520.1134-0.0874-0.0579-0.00050.1776-0.0143-0.02280.0951-0.01050.1764-24.0623-16.0864-1.62
5-0.05020.2955-0.33240.65370.1101-0.0533-0.0649-0.1103-0.1216-0.03-0.0153-0.0428-0.0131-0.023100.1890.00870.0090.1372-0.01360.2148-27.9371-19.42352.4084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 1126-1216
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 1217-1266
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 1267-1282
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 1283-1301
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 1302-1339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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