PDB-3f7q: First pair of Fibronectin type III domains and part of the connec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f7q

タイトル

First pair of Fibronectin type III domains and part of the connecting segment of the integrin beta4

要素

Integrin beta-4

キーワード

CELL ADHESION / INTEGRIN / HEMIDESMOSOME / CARCINOMA / EPIDERMOLYSIS BULLOSA / Alternative splicing / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / trophoblast cell migration / skin morphogenesis / Laminin interactions / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

de Pereda, J.M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the interaction between integrin alpha6beta4 and plectin at the hemidesmosomes
著者: de Pereda, J.M. / Lillo, M.P. / Sonnenberg, A.

履歴

登録	2008年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f7q.cif.gz	269.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f7q.ent.gz	221.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f7pC 3f7rC 1qg3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fty-1 3uro-d 6fwy-2 5fty-2 3f7r-d 6fwy-4 1kxk-d 6fwy-1 4bsj-d 4lp5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (19) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (19)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrin beta-4

B: Integrin beta-4

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Integrin beta-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Integrin beta-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.110, 49.470, 74.360
Angle α, β, γ (deg.)	107.22, 96.06, 106.60
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The monomeric form is believed to be the biological unit.

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Integrin beta-4 / GP150 分子量: 26064.348 Da / 分子数: 2 / 断片: Fibronectin type-III, residues 1126-1355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB4 / プラスミド: Derivative of pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16144

-
非ポリマー , 6種, 511分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 2 IN THE DATABASE, ITB4_HUMAN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.3M NaCl, 24% PEG 200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→69.48 Å / Num. all: 50835 / Num. obs: 50835 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.7 Å² / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QG3

1qg3

解像度: 1.75→22.272 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.87 / 位相誤差: 17.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1816	2589	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1552	48246	-	-
all	0.1566	50835	-	-
obs	0.1566	50835	91.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.664 Å² / k_sol: 0.434 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.23 Å² / B_iso mean: 26.825 Å² / B_iso min: 8.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4382 Å²	3.8015 Å²	-1.0771 Å²
2-	-	-5.4484 Å²	1.3235 Å²
3-	-	-	-8.2638 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→22.272 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6832	0	43	516	7391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6981
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.878	12628
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.145	1804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7836	0.3079	132	0.2548	2411	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7836-1.82	0.2205	135	0.2231	2585	X-RAY DIFFRACTION	89
1.82-1.8596	0.2332	159	0.2048	2644	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8596-1.9028	0.2617	143	0.1991	2638	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9028-1.9504	0.2404	139	0.1804	2598	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9504-2.0031	0.2113	152	0.1643	2616	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0031-2.062	0.1856	129	0.1557	2711	X-RAY DIFFRACTION	91
2.062-2.1285	0.171	137	0.1499	2599	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1285-2.2045	0.1857	140	0.1392	2660	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2045-2.2927	0.1619	141	0.1379	2660	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2927-2.3969	0.186	150	0.1341	2757	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3969-2.5231	0.179	113	0.1327	2744	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5231-2.681	0.1502	160	0.1381	2713	X-RAY DIFFRACTION	94
2.681-2.8876	0.1667	159	0.1433	2761	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8876-3.1774	0.2092	139	0.1434	2783	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1774-3.6355	0.1633	163	0.1395	2777	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6355-4.5738	0.1317	154	0.1316	2799	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5738-22.2735	0.1546	144	0.1547	2790	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2905	0.0068	-0.3696	1.0082	-0.1755	1.0326	0.0549	-0.0958	-0.0195	-0.0137	-0.0454	-0.0801	-0.1011	0.1149	0	0.1365	-0.0237	-0.0013	0.1649	-0.0069	0.1673	16.2218	-3.8919	43.8523
2	-0.1296	0.0354	-0.2652	0.0795	0.198	0.0652	-0.0276	0.1117	0.0791	-0.0383	0.0436	0.0443	-0.061	0.0046	0.0001	0.2281	0.0184	-0.012	0.2171	0.0019	0.2233	10.0968	-16.4944	26.9127
3	0.4463	-0.2367	-0.271	0.1274	-0.207	0.518	-0.066	-0.0465	0.0957	-0.0802	0.0432	0.0558	-0.2308	-0.1585	-0	0.196	0.0351	-0.0094	0.2021	0.0062	0.1753	2.4776	-27.4318	14.2894
4	0.4528	-0.4281	-0.2584	0.1905	0.6791	0.405	-0.073	0.021	-0.1065	0.1622	0.0671	-0.1749	-0.0564	0.0445	0	0.1877	0.0197	-0.0088	0.1821	0.0198	0.1794	7.3804	-36.3143	11.5727
5	0.6008	-0.0093	-0.0424	0.3258	-0.3951	0.1353	0.0651	-0.0016	-0.1195	0.0397	0.0989	-0.0045	0.0086	-0.089	0	0.1603	-0.0039	-0.0151	0.2075	0.0178	0.2109	4.2901	-37.1152	12.6306
6	0.2935	-0.0704	0.3822	0.1402	0.1168	-0.0825	-0.3178	-0.0355	0.0698	0.1187	0.2345	-0.1283	-0.0919	0.005	0	0.247	-0.025	-0.0207	0.2969	0.0252	0.2578	-3.2646	-32.6168	1.7199
7	0.1664	-0.1687	0.2619	0.3956	-0.5234	0.521	0.0431	0.0836	0.0342	0.0245	-0.0298	-0.0894	0.112	0.0375	0	0.181	0.0262	0.0061	0.1664	-0.0221	0.1773	20.5622	-38.4006	28.4976
8	-0.0656	-0.2848	0.0927	0.7308	0.017	0.5114	0.0614	0.0729	0.0165	0.0516	0.0065	0.0023	0.0667	-0.1355	-0	0.1774	0.0032	0.0045	0.16	0.0062	0.1595	14.2193	-37.2544	30.9006
9	0.271	-0.1537	0.4433	0.1935	-0.2601	0.5629	0.0198	0.1458	-0.0136	-0.0254	0.0112	0.0554	0.1949	-0.2238	-0	0.1835	-0.051	0.0246	0.1915	-0.0095	0.205	1.7599	-13.9738	55.6634
10	0.1898	0.1179	0.0764	0.1382	0.2807	0.5624	-0.0327	-0.0386	0.0462	-0.2314	0.03	-0.111	-0.0743	-0.0288	-0	0.1878	-0.0147	-0.0116	0.1785	0.0126	0.1625	8.3549	-4.5087	60.4161
11	0.2503	0.1777	-0.3265	0.1003	-0.3493	0.4059	-0.0228	-0.0647	0.0418	0.1403	0.1162	0.0073	0.0373	-0.0825	0	0.179	-0.0052	0.016	0.1795	-0.0034	0.1752	2.8647	-6.0406	63.3346
12	0.551	-0.3855	-0.2026	-0.0533	-0.1887	0.078	-0.0853	-0.044	-0.044	0.0559	0.0842	0.0049	0.0748	-0.0165	0	0.1743	0.0043	0.0014	0.1941	-0.0069	0.1964	0.0904	-8.7685	64.3113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 1126-1207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 1208-1229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 1230-1254
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resseq 1255-1282
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resseq 1283-1317
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resseq 1318-1339
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resseq 1126-1163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resseq 1164-1215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resseq 1216-1249
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resseq 1250-1277
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resseq 1278-1301
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resseq 1302-1339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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