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- PDB-3f79: Structure of pseudo-centered cell crystal form of the C-terminal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f79
タイトルStructure of pseudo-centered cell crystal form of the C-terminal phosphatase domain of P. aeruginosa RssB
要素Probable two-component response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / ADAPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...: / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of RSSB, a CLPX adaptor protein that regulates sigma S
著者: Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable two-component response regulator
B: Probable two-component response regulator
C: Probable two-component response regulator
D: Probable two-component response regulator
E: Probable two-component response regulator
F: Probable two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,08313
ポリマ－168,9136
非ポリマー1707
水00
1
A: Probable two-component response regulator
B: Probable two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3293
ポリマ－56,3042
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Probable two-component response regulator
D: Probable two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3775
ポリマ－56,3042
非ポリマー733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Probable two-component response regulator
F: Probable two-component response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3775
ポリマ－56,3042
非ポリマー733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.872, 124.872, 92.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain F and backbone and (resi 151-235 or resi 249-258...
211chain A and backbone and (resi 151-235 or resi 249-258...
311chain B and backbone and (resi 151-235 or resi 249-258...
411chain C and backbone and (resi 151-235 or resi 249-258...
511chain D and backbone and (resi 151-235 or resi 249-258...
611chain E and backbone and (resi 151-235 or resi 249-258...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.470928, -0.882002, -0.017302), (0.882076, -0.471076, 0.005516), (-0.013016, -0.012664, 0.999835)-1.84052, -72.760803, -61.692501
3given(-0.989169, -0.121312, -0.082626), (-0.117441, 0.991809, -0.050221), (0.088041, -0.039973, -0.995314)17.9722, -33.202599, -94.4729
4given(-0.513399, 0.85809, 0.010129), (-0.85812, -0.513247, -0.014446), (-0.007197, -0.016109, 0.999844)63.758301, -36.924198, -31.052299
5given(0.408778, 0.91006, -0.068496), (0.907799, -0.413181, -0.071992), (-0.093818, -0.032752, -0.995051)23.177099, -109.487999, -120.774002
6given(0.546442, -0.836319, -0.044406), (-0.837476, -0.546036, -0.021885), (-0.005945, 0.049148, -0.998774)-43.915798, -75.737396, -151.095993

-
要素

#1: タンパク質
Probable two-component response regulator


分子量: 28152.180 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 140-394, C-terminal phosphatase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I045
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月5日 / 詳細: crystal monochromonometer
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.498
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 78607 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.174
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.8-2.92.20.21187.2
2.9-3.022.50.19898.2
3.02-3.152.70.17799.6
3.15-3.322.80.14199.7
3.32-3.532.80.11599.6
3.53-3.82.80.09799.7
3.8-4.182.80.08799.9
4.18-4.792.80.07899.8
4.79-6.032.80.06399.8
6.03-502.80.04998.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ES2

3es2


解像度: 2.8→14.997 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 33.72 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 3912 5.02 %
Rwork0.2429 --
obs0.2455 77991 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.742 Å2 / ksol: 0.275 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 91.573 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.666 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.666 Å2-0 Å2
3----34.435 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10379 0 7 0 10386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66914306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9273718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031841
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11F708X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A708X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.261
13B684X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.29
14C724X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.35
15D712X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.324
16E720X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.29
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.8480.3021870.3013118X-RAY DIFFRACTION98
2.848-2.89940.34231940.28553454X-RAY DIFFRACTION98
2.8994-2.95470.34941720.29433622X-RAY DIFFRACTION98
2.9547-3.01460.3322290.28183727X-RAY DIFFRACTION98
3.0146-3.07960.31832030.28743721X-RAY DIFFRACTION98
3.0796-3.15060.34672360.27193758X-RAY DIFFRACTION98
3.1506-3.22860.28321660.27243804X-RAY DIFFRACTION98
3.2286-3.3150.33391960.26743782X-RAY DIFFRACTION98
3.315-3.41140.28461850.27153759X-RAY DIFFRACTION98
3.4114-3.52020.3611730.25863744X-RAY DIFFRACTION98
3.5202-3.64430.28971720.25873761X-RAY DIFFRACTION98
3.6443-3.78790.24582070.2353803X-RAY DIFFRACTION98
3.7879-3.95730.30232110.24383662X-RAY DIFFRACTION98
3.9573-4.16170.27881880.23743830X-RAY DIFFRACTION98
4.1617-4.41620.29861680.2133802X-RAY DIFFRACTION98
4.4162-4.74710.27072030.19793743X-RAY DIFFRACTION98
4.7471-5.20660.24161940.20993797X-RAY DIFFRACTION98
5.2066-5.91910.28451960.24533745X-RAY DIFFRACTION98
5.9191-7.31070.44581860.28633767X-RAY DIFFRACTION98
7.3107-14.99680.26222050.20563721X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.24 Å / Origin y: -36.7611 Å / Origin z: -46.2241 Å
111213212223313233
T0.0442 Å2-0.0277 Å20.0121 Å2-0.0297 Å2-0.0064 Å2--0.0351 Å2
L0.037 °20.0343 °2-0.0136 °2--0.0045 °20.045 °2--0.0671 °2
S0.0341 Å °-0.0101 Å °-0.0005 Å °-0.0212 Å °-0.0074 Å °0.0024 Å °-0.0953 Å °0.0534 Å °0.0047 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A or chain B or chain C or chain D or

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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