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万見
- PDB-3f73: Alignment of guide-target seed duplex within an argonaute silenci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f73
タイトルAlignment of guide-target seed duplex within an argonaute silencing complex
要素
  • ARGONAUTE
  • DNA (5'-D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DTP*DA*DTP*DAP*DGP*DT)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*A*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
キーワードNUCLEIC ACID BINDING PROTEIN/DNA/RNA / argonaute / protein-DNA-RNA-complex / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN-DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / Argonaute PAZ domain / paz domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi ...paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / Argonaute PAZ domain / paz domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Beta Complex / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, Y. / Li, H. / Sheng, G. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of an argonaute silencing complex with a seed-containing guide DNA and target RNA duplex.
著者: Wang, Y. / Juranek, S. / Li, H. / Sheng, G. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARGONAUTE
B: ARGONAUTE
C: DNA (5'-D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DTP*DA*DTP*DAP*DGP*DT)-3')
H: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*A*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
X: DNA (5'-D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DTP*DA*DTP*DAP*DGP*DT)-3')
Y: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*A*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,29910
ポリマ－179,1326
非ポリマー1684
水28816
1
A: ARGONAUTE
C: DNA (5'-D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DTP*DA*DTP*DAP*DGP*DT)-3')
H: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*A*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7096
ポリマ－89,5663
非ポリマー1443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area31740 Å2
手法PISA
2
B: ARGONAUTE
X: DNA (5'-D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DTP*DA*DTP*DAP*DGP*DT)-3')
Y: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*A*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5904
ポリマ－89,5663
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.162, 120.527, 109.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 / RNA鎖 , 3種, 6分子 ABCXHY

#1: タンパク質 ARGONAUTE


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: TT_P0026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DTP*DA*DTP*DAP*DGP*DT)-3')


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*A*CP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*GP*U)-3')


分子量: 6248.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 308 K / pH: 5.6
詳細: 10% (v/v) PEG400, 50mM Mes 5.6, 0.1M KCl, 15 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 308K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2MES11
3KCL11
4MgCl211
5PEG 40012
6MES12
7KCl12
8MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 29830 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.397 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3DLH

3dlh


解像度: 3→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2073 6.8 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 29792 97.3 %-
溶媒の処理Bsol: 36.88 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 70.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.517 Å20 Å2-0.272 Å2
2--12.793 Å20 Å2
3----5.276 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10044 980 8 16 11048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 329 -
Rwork0.317 --
obs--95.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5
X-RAY DIFFRACTION6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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