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- PDB-3f71: Crystal structure of E18D DJ-1 with oxidized C106 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f71
タイトルCrystal structure of E18D DJ-1 with oxidized C106
要素Protein DJ-1
キーワードCHAPERONE / cysteine oxidation / Parkinson disease / Cytoplasm / Disease mutation / Nucleus / Oncogene / Oxidation / Phosphoprotein / Polymorphism / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / protein deglycase activity / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate biosynthetic process / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / membrane hyperpolarization / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / oxygen sensor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / nuclear androgen receptor binding / androgen receptor signaling pathway / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cuprous ion binding / regulation of neuron apoptotic process / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / regulation of mitochondrial membrane potential / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / Late endosomal microautophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / adherens junction / mitochondrion organization / positive regulation of protein-containing complex assembly / enzyme activator activity / PML body / Chaperone Mediated Autophagy / mitochondrial intermembrane space / autophagy / Aggrephagy / positive regulation of protein localization to nucleus / kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / synaptic vesicle / glucose homeostasis / peptidase activity / cell body / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, M. / Wilson, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Formation of a Stabilized Cysteine Sulfinic Acid Is Critical for the Mitochondrial Function of the Parkinsonism Protein DJ-1.
著者: Blackinton, J. / Lakshminarasimhan, M. / Thomas, K.J. / Ahmad, R. / Greggio, E. / Raza, A.S. / Cookson, M.R. / Wilson, M.A.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DJ-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8521
ポリマ－20,8521
非ポリマー00
水4,702261
1
A: Protein DJ-1

A: Protein DJ-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7042
ポリマ－41,7042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area2810 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.750, 74.750, 74.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 20852.031 Da / 分子数: 1 / 変異: E18D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK 7, PARK7 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99497
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M sodium citrate, 25 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月14日 / 詳細: BENT CONICAL RH-COATED SI MIRROR
放射モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 75693 / Num. obs: 75693 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 7532 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1P5F

1p5f


解像度: 1.2→30 Å / Num. parameters: 15486 / Num. restraintsaints: 19565 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1552 3779 5 %RANDOM
Rwork0.1225 ---
all0.1225 75606 --
obs0.1225 75606 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 1402 / Occupancy sum non hydrogen: 1621.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 0 261 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0292
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.075
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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