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万見
- PDB-3f6g: Crystal structure of the regulatory domain of LiCMS in complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f6g
タイトルCrystal structure of the regulatory domain of LiCMS in complexed with isoleucine - type II
要素Alpha-isopropylmalate synthase
キーワードTRANSFERASE / LiCMSC / allosteric regulation / feedback inhibition / selectivity / specificity / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-citramalate synthase / (R)-citramalate synthase activity / 2-isopropylmalate synthase activity / L-leucine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #340 / Double Stranded RNA Binding Domain - #740 / : / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain superfamily / LeuA allosteric (dimerisation) domain / LeuA allosteric (dimerisation) domain / : / Homocitrate synthase post-HMGL domain-like / : ...Double Stranded RNA Binding Domain - #340 / Double Stranded RNA Binding Domain - #740 / : / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain superfamily / LeuA allosteric (dimerisation) domain / LeuA allosteric (dimerisation) domain / : / Homocitrate synthase post-HMGL domain-like / : / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 1. / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Double Stranded RNA Binding Domain / Aldolase-type TIM barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOLEUCINE / (R)-citramalate synthase CimA
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, P. / Ma, J. / Zhao, G. / Ding, J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Molecular basis of the inhibitor selectivity and insights into the feedback inhibition mechanism of citramalate synthase from Leptospira interrogans
著者: Zhang, P. / Ma, J. / Zhang, Z. / Zha, M. / Xu, H. / Zhao, G. / Ding, J.
履歴
登録2008年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alpha-isopropylmalate synthase
A: Alpha-isopropylmalate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,63814
ポリマ－28,4772
非ポリマー1,16212
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-123.8 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.315, 97.943, 39.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-358-

ZN

21A-359-

ZN

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要素

#1: タンパク質 Alpha-isopropylmalate synthase / Citramalate synthase


分子量: 14238.300 Da / 分子数: 2 / 断片: Regulatory domain, UNP residues 390-516 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア)
株: 56601 / 遺伝子: cimA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8F3Q1, EC: 2.3.1.182
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.0, 1.6M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A20.9789, 0.9796, 0.9643
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2007年3月24日
ADSC QUANTUM 42CCD2007年3月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97891
30.97961
40.96431
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 15916 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Num. unique all: 5456

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 794 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.227 15562 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.46 Å2 / Biso mean: 33.646 Å2 / Biso min: 14.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å2-0.01 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3---3.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1827 0 60 167 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9742574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6935232
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2870.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3480.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4411.51178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.52321904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2783729
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3994.5670
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.38121907
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free02169
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded021887
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 49
Rwork0.332 1077
all-1126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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