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- PDB-3blf: Crystal structure of the catalytic domain of LiCMS in complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3blf
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of LiCMS in complexed with pyruvate
要素Citramalate synthase from Leptospira interrogans
キーワードTRANSFERASE / TIM barrel / LiCMSN / substrate specificity / Acyltransferase / Amino-acid biosynthesis / Branched-chain amino acid biosynthesis / Leucine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-citramalate synthase / (R)-citramalate synthase activity / 2-isopropylmalate synthase activity / L-leucine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain superfamily / LeuA allosteric (dimerisation) domain / LeuA allosteric (dimerisation) domain / : / Homocitrate synthase post-HMGL domain-like / : / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 1. / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site ...: / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain superfamily / LeuA allosteric (dimerisation) domain / LeuA allosteric (dimerisation) domain / : / Homocitrate synthase post-HMGL domain-like / : / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 1. / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / (R)-citramalate synthase CimA
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang, P. / Ma, J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of the substrate specificity and the catalytic mechanism of citramalate synthase from Leptospira interrogans.
著者: Ma, J. / Zhang, P. / Zhang, Z. / Zha, M. / Xu, H. / Zhao, G. / Ding, J.
履歴
登録2007年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citramalate synthase from Leptospira interrogans
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7593
ポリマ－37,6061
非ポリマー1532
水1,06359
1
A: Citramalate synthase from Leptospira interrogans
ヘテロ分子

A: Citramalate synthase from Leptospira interrogans
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5186
ポリマ－75,2112
非ポリマー3074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area5030 Å2
ΔGint-83.3 kcal/mol
Surface area22680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.137, 85.137, 116.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Citramalate synthase from Leptospira interrogans


分子量: 37605.523 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア)
株: 56601 / 遺伝子: cimA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8F3Q1, 2-isopropylmalate synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 2.0M Sodium malonate, pH7.5, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 15521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.698.80.45615301.103100
2.69-2.88.70.34115051.115100
2.8-2.938.80.25915431.132100
2.93-3.088.80.18215251.111100
3.08-3.288.90.12415391.089100
3.28-3.538.90.08415351.033100
3.53-3.8890.06615551.26299.9
3.88-4.4590.03915380.881100
4.45-5.68.90.0315780.683100
5.6-508.30.02816730.66999.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BLE

3ble


解像度: 2.6→39.97 Å / σ(F): 429
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 763 4.9 %
Rwork0.223 --
obs-14992 96.9 %
溶媒の処理Bsol: 49.102 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 55.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.436 Å2-3.311 Å20 Å2
2--5.436 Å20 Å2
3----10.873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2415 0 7 59 2481
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4pyr.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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