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- PDB-3f6b: Crystal structure of benzoylformate decarboxylase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f6b
タイトルCrystal structure of benzoylformate decarboxylase in complex with the pyridyl inhibitor PAA
要素Benzoylformate decarboxylase
キーワードLYASE / thiamin adduct / Aromatic hydrocarbons catabolism / Calcium / Decarboxylase / Magnesium / Mandelate pathway / Metal-binding / Thiamine pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoylformate decarboxylase / benzoylformate decarboxylase activity / mandelate catabolic process / acetolactate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8PA / Benzoylformate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Brandt, G.S. / McLeish, M.J. / Kenyon, G.L. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Jordan, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Detection and time course of formation of major thiamin diphosphate-bound covalent intermediates derived from a chromophoric substrate analogue on benzoylformate decarboxylase.
著者: Chakraborty, S. / Nemeria, N.S. / Balakrishnan, A. / Brandt, G.S. / Kneen, M.M. / Yep, A. / McLeish, M.J. / Kenyon, G.L. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Jordan, F.
履歴
登録2008年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6263
ポリマ－56,0431
非ポリマー5832
水8,323462
1
X: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子

X: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子

X: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子

X: Benzoylformate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,50412
ポリマ－224,1734
非ポリマー2,3318
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_757-x+2,y,-z+21
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area25050 Å2
ΔGint-132.6 kcal/mol
Surface area59880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.540, 96.070, 137.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-533-

HOH

21X-714-

HOH

31X-730-

HOH

41X-802-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Benzoylformate decarboxylase / BFD / BFDC


分子量: 56043.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: DSM 291 / NCIB 9494 / NCTC 10936 / Stanier 90 / 遺伝子: mdlC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20906, benzoylformate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-8PA / 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-2-[(1S,2E)-1-hydroxy-3-pyridin-3-ylprop-2-en-1-yl]-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium


分子量: 558.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N5O8P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細1. 8PA IS A COVALENT ADDUCT BETWEEN 3-(PYRIDIN-3-YL) ACRYLALDEHYDE AND THE THDP COFACTOR. 2. ...1. 8PA IS A COVALENT ADDUCT BETWEEN 3-(PYRIDIN-3-YL) ACRYLALDEHYDE AND THE THDP COFACTOR. 2. ACCORDING TO AUTHORS, BOTH RELATED ENTRIES 3F6B AND 3F6E HAVE THE SAME SUBSTRATE-COFACTOR ADDUCT. THESE STRUCTURES WERE SOLVED IN SUPPORT OF ENZYMOLOGICAL EXPERIMENTS WITH BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE. THE ENZYME DECARBOXYLATES THE 3-PKB SUBSTRATE TO GENERATE AN ALDEHYDE. THIS ALDEHYDE IS PAA, THE SUBSTRATE APPLIED IN THE EXPERIMENTS THAT GAVE RISE TO 3F6B STRUCTURE. WHEN AUTHORS CRYSTALLIZE THE ENZYME IN THE PRESENCE OF 3-PKB, THE SPECIES THAT IS GENERATED THAN TRAPPED IS PAA, VIA REACTION WITH THE THIAZOLIUM YLID OF THE THDP COFACTOR TO GENERATE THE ADDUCT SEEN IN BOTH STRUCTURES. THE 3-PKB INHIBITOR WAS DESIGNED FIRST, AND THEN PAA WAS DEVELOPED TO CHECK THE HYPOTHESIS THAT 3-PKB IS CONVERTED TO PAA IN THE ACTIVE SITE. INDEED, THE ADDUCT IS THE SAME IN 3F6B AND 3F6E.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 22% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 120069 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 16.911
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.34-1.393.80.61101280.90385.1
1.39-1.445.30.527113730.95795.9
1.44-1.516.20.42116651.198
1.51-1.596.40.317116531.13198.1
1.59-1.696.30.244117211.16998.1
1.69-1.826.10.183116641.15497.8
1.82-25.90.135114331.1395.8
2-2.296.20.109116661.05497.2
2.29-2.896.40.092117201.04397
2.89-506.40.056117241.01894.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BFD

1bfd


解像度: 1.34→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.202 / WRfactor Rwork: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.898 / SU B: 0.725 / SU ML: 0.03 / SU R Cruickshank DPI: 0.05 / SU Rfree: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 5750 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
all0.167 120069 --
obs0.163 114737 95.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.79 Å2 / Biso mean: 16.285 Å2 / Biso min: 2.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 0 37 462 4463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8631.9725610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.095526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10224.451173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87915612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9541523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22852
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3580.262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1331.52693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58124233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.71631597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8744.51376
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 359 -
Rwork0.305 6731 -
all-7090 -
obs--80.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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