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- PDB-3f69: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis PknB mutant k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f69
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis PknB mutant kinase domain in complex with KT5720
要素Serine/threonine-protein kinase pknB
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / PknB / Mycobacterium tuberculosis / KT5720 / Structural Genomics / Structual Genomics / Cocrystallization of PknB kinase domain and inhibitors / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth rate / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan biosynthetic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase ...negative regulation of growth rate / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan biosynthetic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
hexyl / Serine/threonine-protein kinase PknB / Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Alber, T. / Mieczkowski, C.A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Auto-activation mechanism of the Mycobacterium tuberculosis PknB receptor Ser/Thr kinase.
著者: Mieczkowski, C. / Iavarone, A.T. / Alber, T.
履歴
登録2008年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase pknB
B: Serine/threonine-protein kinase pknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5568
ポリマ－67,1012
非ポリマー1,4556
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)297.557, 297.557, 297.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number210
Space group name H-MF4132

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase pknB


分子量: 33550.484 Da / 分子数: 2 / 断片: PknB mutant kinase domain / 変異: L33D, M145L, M155V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT0017, MTCY10H4.14c, pknB, Rv0014c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon plus
参照: UniProt: P0A5S4, UniProt: P9WI81*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-XDR / hexyl (5S,6R,8R)-6-hydroxy-5-methyl-13-oxo-5,6,7,8-tetrahydro-13H-5,8-epoxy-4b,8a,14-triazadibenzo[b,h]cycloocta[1,2,3,4-jkl]c yclopenta[e]-as-indacene-6-carboxylate / KT5720


分子量: 535.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H29N3O5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 25% PEG 3350, 200 mM ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11586 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月25日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 28331 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 49.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 32.7 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å41.67 Å
Translation2.8 Å41.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PknB Leu33Asp kinase domain (1-308)

解像度: 2.8→39.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 26.189 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26805 1419 5.1 %RANDOM
Rwork0.21806 ---
obs0.2206 26637 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.529 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.512 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4238 0 90 30 4358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9955961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4045555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.85324.171187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58415619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3761529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4671.52782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89924476
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.35631555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.344.51484
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 96 -
Rwork0.345 1946 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8541-0.7128-0.33826.12962.63834.06010.06860.00550.3889-0.43860.0577-0.2331-0.47830.4195-0.12640.2313-0.00350.14450.07140.09740.2462-49.512-42.5083.5
24.64740.46771.99773.00641.45346.21490.058-0.7250.28480.2827-0.17150.27410.081-0.28390.11360.18590.02080.08150.32310.08320.1248-15.947-55.291-5.319
33.3192-1.7338-1.82274.65141.03785.4708-0.08360.387-0.2829-0.2946-0.17810.63280.146-0.24180.26170.2773-0.04310.01940.01390.00330.1974-52.595-62.885-10.187
46.37141.12510.2222.2995-0.89134.53240.00340.8912-0.7045-0.26020.09160.04280.62560.1068-0.0950.38590.02490.09110.2837-0.04250.1102-22.718-66.522-26.124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3A179 - 286
4X-RAY DIFFRACTION4B179 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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