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- PDB-3f5p: Complex Structure of Insulin-like Growth Factor Receptor and 3-Cy... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 3f5p
タイトルComplex Structure of Insulin-like Growth Factor Receptor and 3-Cyanoquinoline Inhibitor
要素Insulin-like growth factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE / IGF-1R / protein-inhibitor complex / tyrosine kinase / ATP-binding / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus ...cardiac atrium development / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / protein kinase complex / insulin-like growth factor binding / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / protein transporter activity / IRS-related events triggered by IGF1R / negative regulation of muscle cell apoptotic process / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of DNA metabolic process / cellular response to zinc ion starvation / cellular response to aldosterone / cellular response to testosterone stimulus / insulin receptor complex / transcytosis / insulin-like growth factor I binding / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of protein-containing complex disassembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / response to alkaloid / regulation of JNK cascade / dendritic spine maintenance / insulin binding / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to L-glutamate / establishment of cell polarity / positive regulation of axon regeneration / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of cytokinesis / amyloid-beta clearance / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / insulin receptor substrate binding / cellular response to angiotensin / response to vitamin E / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of MAPK cascade / phosphatidylinositol 3-kinase binding / SHC-related events triggered by IGF1R / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / estrous cycle / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / T-tubule / cerebellum development / cellular response to dexamethasone stimulus / axonogenesis / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / hippocampus development / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to nicotine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / insulin receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / placental growth factor receptor activity / cellular response to glucose stimulus / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / caveola / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to amyloid-beta / cellular senescence / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / response to ethanol / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / immune response / cilium / positive regulation of cell migration / axon / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats ...Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-741 / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xu, W. / Miller, L.M. / Mayer, S.C. / Berger, D.M. / Boschelli, D.H. / Boschelli, F.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Lead identification to generate 3-cyanoquinoline inhibitors of insulin-like growth factor receptor (IGF-1R) for potential use in cancer treatment
著者: Miller, L.M. / Mayer, S.C. / Berger, D.M. / Boschelli, D.H. / Boschelli, F. / Di, L. / Du, X. / Dutia, M. / Floyd, M.B. / Johnson, M. / Kenny, C.H. / Krishnamurthy, G. / Moy, F. / Petusky, S. ...著者: Miller, L.M. / Mayer, S.C. / Berger, D.M. / Boschelli, D.H. / Boschelli, F. / Di, L. / Du, X. / Dutia, M. / Floyd, M.B. / Johnson, M. / Kenny, C.H. / Krishnamurthy, G. / Moy, F. / Petusky, S. / Tkach, D. / Torres, N. / Wu, B. / Xu, W.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Lead identification to generate isoquinolinedione inhibitors of insulin-like growth factor receptor (IGF-1R) for potential use in cancer treatment
著者: Mayer, S.C. / Banker, A.L. / Boschelli, F. / Di, L. / Johnson, M. / Kenny, C.H. / Krishnamurthy, G. / Kutterer, K. / Moy, F. / Petusky, S. / Ravi, M. / Tkach, D. / Tsou, H.R. / Xu, W.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
B: Insulin-like growth factor 1 receptor
C: Insulin-like growth factor 1 receptor
D: Insulin-like growth factor 1 receptor
E: Insulin-like growth factor 1 receptor
F: Insulin-like growth factor 1 receptor
G: Insulin-like growth factor 1 receptor
H: Insulin-like growth factor 1 receptor
I: Insulin-like growth factor 1 receptor
J: Insulin-like growth factor 1 receptor
K: Insulin-like growth factor 1 receptor
M: Insulin-like growth factor 1 receptor
L: Insulin-like growth factor 1 receptor
R: Insulin-like growth factor 1 receptor
S: Insulin-like growth factor 1 receptor
T: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)574,32432
ポリマ－565,47416
非ポリマー8,84916
水2,990166
1
A: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PQS
8
H: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PQS
9
I: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PQS
10
J: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PQS
11
K: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PQS
12
M: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
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手法PQS
13
L: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
14
R: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
15
S: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
16
T: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8952
ポリマ－35,3421
非ポリマー5531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
17
C: Insulin-like growth factor 1 receptor
D: Insulin-like growth factor 1 receptor
G: Insulin-like growth factor 1 receptor
H: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子

K: Insulin-like growth factor 1 receptor
M: Insulin-like growth factor 1 receptor
L: Insulin-like growth factor 1 receptor
R: Insulin-like growth factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,16216
ポリマ－282,7378
非ポリマー4,4258
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area15210 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area104840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.340, 137.020, 178.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Insulin-like growth factor 1 receptor / Insulin-like growth factor I receptor / IGF-I receptor / CD221 antigen


分子量: 35342.145 Da / 分子数: 16 / 断片: IGF-1R Kinase Domain, UNP residues 981-1286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF1R / Cell (発現宿主): cancer cell / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08069, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-741 / 4-[[3-chloro-4-(1-methylimidazol-2-yl)sulfanyl-phenyl]amino]-7-[3-(2-hydroxyethyl-methyl-amino)propoxy]-6-methoxy-quinoline-3-carbonitrile


分子量: 553.076 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29ClN6O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.5, 2M NaCl, 14% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 143 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 137596 / Num. obs: 133523 / % possible obs: 97.04 % / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZM3

2zm3


解像度: 2.9→19.986 Å / SU ML: 0.44 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 6713 5.03 %random
Rwork0.2097 ---
obs0.2122 133523 97.04 %-
all-137652 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.778 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38312 0 608 166 39086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8976-2.93040.33971720.28553675X-RAY DIFFRACTION84
2.9304-2.96480.32361850.28553889X-RAY DIFFRACTION90
2.9648-3.00080.32362250.2863903X-RAY DIFFRACTION91
3.0008-3.03870.33622340.28744007X-RAY DIFFRACTION93
3.0387-3.07850.36462530.28633994X-RAY DIFFRACTION93
3.0785-3.12050.35422280.27634119X-RAY DIFFRACTION95
3.1205-3.1650.33892080.26724138X-RAY DIFFRACTION96
3.165-3.2120.32542100.25154194X-RAY DIFFRACTION96
3.212-3.2620.31732000.26284229X-RAY DIFFRACTION96
3.262-3.31520.34472270.25254168X-RAY DIFFRACTION97
3.3152-3.37210.26412420.24294206X-RAY DIFFRACTION97
3.3721-3.43320.30932200.23734246X-RAY DIFFRACTION97
3.4332-3.49880.25232340.20624228X-RAY DIFFRACTION98
3.4988-3.56990.26612350.20264292X-RAY DIFFRACTION99
3.5699-3.6470.26342530.20514293X-RAY DIFFRACTION99
3.647-3.73130.26032300.20694300X-RAY DIFFRACTION99
3.7313-3.8240.2622020.20374358X-RAY DIFFRACTION99
3.824-3.92670.24072470.19094264X-RAY DIFFRACTION99
3.9267-4.04130.24322140.17514362X-RAY DIFFRACTION99
4.0413-4.17060.21252220.17024343X-RAY DIFFRACTION99
4.1706-4.31820.21372230.17514303X-RAY DIFFRACTION99
4.3182-4.48920.19892390.15654335X-RAY DIFFRACTION100
4.4892-4.6910.21512260.17814327X-RAY DIFFRACTION99
4.691-4.93480.22312360.18644340X-RAY DIFFRACTION99
4.9348-5.23880.20832050.18194406X-RAY DIFFRACTION100
5.2388-5.63490.24352060.19044369X-RAY DIFFRACTION99
5.6349-6.18660.23942590.19114326X-RAY DIFFRACTION99
6.1866-7.04730.22132230.17894364X-RAY DIFFRACTION100
7.0473-8.75290.18962260.16244413X-RAY DIFFRACTION100
8.7529-19.98630.20712290.18764419X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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