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- PDB-3f51: Crystal Structure of the clp gene regulator ClgR from Corynebacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f51
タイトルCrystal Structure of the clp gene regulator ClgR from Corynebacterium glutamicum
要素Clp gene regulator (ClgR)
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / gene regulator / helix-turn-helix / transcriptional activator / human pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Predicted transcriptional regulators
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Russo, S. / Schweitzer, J.E. / Polen, T. / Bott, M. / Pohl, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the caseinolytic protease gene regulator, a transcriptional activator in actinomycetes
著者: Russo, S. / Schweitzer, J.E. / Polen, T. / Bott, M. / Pohl, E.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clp gene regulator (ClgR)
B: Clp gene regulator (ClgR)
C: Clp gene regulator (ClgR)
D: Clp gene regulator (ClgR)
E: Clp gene regulator (ClgR)
F: Clp gene regulator (ClgR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,29810
ポリマ－75,8846
非ポリマー4144
水3,387188
1
A: Clp gene regulator (ClgR)
E: Clp gene regulator (ClgR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4724
ポリマ－25,2952
非ポリマー1772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
2
B: Clp gene regulator (ClgR)
C: Clp gene regulator (ClgR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4133
ポリマ－25,2952
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
3
D: Clp gene regulator (ClgR)
F: Clp gene regulator (ClgR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4133
ポリマ－25,2952
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.440, 84.820, 71.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Clp gene regulator (ClgR)


分子量: 12647.396 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: cg2152, Cgl1962, Clg1962 / プラスミド: pEKEx1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BB1553 / 参照: UniProt: Q8NP59
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.652.67
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.60.1 M sodium chloride, 23% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% glycerol, 0.085 M sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.60.0085 M cobalt chloride, 0.85 M 1,6-hexanediol, 15% glycerol, 0.085 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11
シンクロトロンSLS X06SA20.9790,0.9793,0.9717
検出器タイプ: PHILLIPS / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1sagitally focused Si (111),bending mirror for vertical focusing, spot size 80x20umSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2sagitally focused Si (111),bending mirror for vertical focusing, spot size 50x20umMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
30.97931
40.97171
反射解像度: 2.05→46 Å / Num. all: 48793 / Num. obs: 48625 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6411 / Rsym value: 0.699 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→45.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.732 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.7 / σ(I): 3 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23801 2432 5 %RANDOM
Rwork0.21234 ---
obs0.21359 46193 100 %-
all-46193 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-1.89 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4073 0 4 212 4289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9955617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5995557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.55722.956159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85615682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7811542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22985
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0441.52848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65824333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1331442
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0284.51281
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 179 -
Rwork0.291 3399 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8967-1.40770.42642.7723-1.17590.6590.121-0.2307-0.09050.0546-0.0733-0.35670.02270.2381-0.0477-0.0489-0.0563-0.0198-0.14240.0312-0.0955-20.8535-44.0699-40.3366
26.095-3.15993.90081.7461-1.91922.59490.19890.1288-0.5402-0.1047-0.0347-0.19880.48270.3831-0.16420.0127-0.0145-0.01060.1760.05210.19463.3976-67.9288-26.2153
35.92223.65143.51652.25142.16822.08810.3681-1.0277-0.38340.3982-0.1542-0.12130.11630.1156-0.2139-0.0748-0.133-0.10720.33120.19390.037-9.059-64.5787-11.3955
42.58622.29760.7463.25280.99013.1321-0.0973-0.29310.2926-0.02670.1624-0.1033-0.1517-0.277-0.0651-0.08440.0625-0.0135-0.1382-0.16080.02121.5498-43.9644-2.4444
50.40930.01830.11310.8005-1.72664.0173-0.04710.14090.0443-0.011-0.01690.1124-0.1143-0.24070.064-0.0922-0.00690.0034-0.17450.009-0.1197-34.2149-58.0358-35.4438
60.1404-0.16710.50730.2078-0.46264.06450.021-0.103-0.1370.19940.0042-0.15220.13530.0174-0.0253-0.0128-0.0024-0.0136-0.075-0.065-0.0701-32.171-63.0466-71.6366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3C23 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4D21 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5E20 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6F22 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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