PDB-2mmv: ZapA mutant dimer from Geobacillus stearothermophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mmv

タイトル

ZapA mutant dimer from Geobacillus stearothermophilus

要素

Cell division protein ZapA

キーワード

CELL CYCLE / ZapA

機能・相同性

機能・相同性情報

septin ring assembly / cell septum / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, SIMULATED ANNEALING

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Nogueira, M.L. / Sforca, M. / Zeri, A.

引用

ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2015
タイトル: Backbone and side chain NMR assignments of Geobacillus stearothermophilus ZapA allow identification of residues that mediate the interaction of ZapA with FtsZ.
著者: Nogueira, M.L. / Sforca, M.L. / Chin, Y.K. / Mobli, M. / Handler, A. / Gorbatyuk, V.Y. / Robson, S.A. / King, G.F. / Gueiros-Filho, F.J. / Zeri, A.C.

履歴

登録	2014年3月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mmv.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mmv.ent.gz	1009.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2074 3f51-1 3tkh-d 6lee-d 5nqz-1 4fsq-d 4ftm-d 4ftl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19869

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell division protein ZapA

B: Cell division protein ZapA

19.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / -	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	Cell division protein ZapA 分子量: 9902.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 解説: mutant protein / 遺伝子: zapa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A078N0N2

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N NOESY
2	2	1	15NHSQC
3	3	1	15N13C ALI NOE HBHA(CO)NH
4	4	1	(H)CCH
5	5	1	HN(CA)CB
6	6	1	TOCSY
7	7	1	CCH CCHTOCSY
8	8	1	HCCHTOCSY
9	9	1	NOESYCHSQC AR

-
試料調製

詳細	内容: 50 Mm NaPhosp, 50 Mm KCl
試料状態	イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	1
Agilent INOVA	Agilent	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	P.GUNTERT ET AL.	精密化
CYANA	2.1		構造決定

精密化

手法: torsion angle dynamics, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 2124 / NOE intraresidue total count: 694 / NOE long range total count: 388 / NOE medium range total count: 379 / NOE sequential total count: 663

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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