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- PDB-3f3y: Crystal structure of human cytosolic sulfotransferase SULT2A1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f3y
タイトルCrystal structure of human cytosolic sulfotransferase SULT2A1 in complex with PAP and lithocholic acid
要素Bile salt sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE / SULT2A1 / human cytosolic sulfotransferase / lithocholic acid / PAP / Bile acid catabolism / Cytoplasm / Lipid metabolism / Steroid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process ...bile-salt sulfotransferase / alcohol sulfotransferase activity / bile-salt sulfotransferase activity / alcohol sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / bile acid catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / Cytosolic sulfonation of small molecules / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / thyroid hormone metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity / ethanol catabolic process / Paracetamol ADME / steroid metabolic process / cholesterol metabolic process / lipid catabolic process / xenobiotic metabolic process / PPARA activates gene expression / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase 2A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pan, P.W. / Dong, A. / Amaya, M. / Edwards, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: rystal structure of human cytosolic sulfotransferase SULT2A1 in complex with PAP and lithocholic acid
著者: Pan, P.W. / Dong, A. / Amaya, M. / Edwards, A.M.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile salt sulfotransferase
B: Bile salt sulfotransferase
C: Bile salt sulfotransferase
D: Bile salt sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,49812
ポリマ－135,2834
非ポリマー3,2158
水9,692538
1
A: Bile salt sulfotransferase
B: Bile salt sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2496
ポリマ－67,6422
非ポリマー1,6084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Bile salt sulfotransferase
D: Bile salt sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2496
ポリマ－67,6422
非ポリマー1,6084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.393, 96.179, 159.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Bile salt sulfotransferase / Hydroxysteroid Sulfotransferase / HST / Dehydroepiandrosterone sulfotransferase / DHEA-ST / ST2 / ST2A3


分子量: 33820.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HST, STD, SULT2A1 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q06520, bile-salt sulfotransferase
#2: 化合物
ChemComp-4OA / (3beta,5beta,14beta,17alpha)-3-hydroxycholan-24-oic acid / Lithocholic acid


分子量: 376.573 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O3 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 0.05M Calcium chloride, 18% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.0, 10% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月9日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 80907 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Rsym value: 0.527 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
Coot0.4.1モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.249 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1264 2 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.238 60784 99.1 %-
all-60784 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å20 Å20 Å2
2---4.17 Å20 Å2
3---6.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9173 0 216 538 9927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0229695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.96813192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95151124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.14723.741433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.654151576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0721540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.24606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.26602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0231.55778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66629063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39234655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4814.54129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 89 -
Rwork0.339 4345 -
obs--97.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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