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万見
- PDB-3f3r: Crystal structure of yeast Thioredoxin1-glutathione mixed disulfi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f3r
タイトルCrystal structure of yeast Thioredoxin1-glutathione mixed disulfide complex
要素Thioredoxin-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / thioredoxin / glutathione / Deoxyribonucleotide synthesis / Golgi apparatus / Membrane / Nucleus / Protein transport / Redox-active center / Phosphoprotein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion priming complex / protein deglutathionylation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / vacuole inheritance / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / disulfide oxidoreductase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / fungal-type vacuole ...membrane fusion priming complex / protein deglutathionylation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / vacuole inheritance / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / disulfide oxidoreductase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / fungal-type vacuole / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / deoxyribonucleotide biosynthetic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / cell redox homeostasis / mitochondrial intermembrane space / protein transport / Golgi membrane / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Thioredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, Y.R. / Bao, R. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Structural and kinetic analysis of Saccharomyces cerevisiae thioredoxin Trx1: implications for the catalytic mechanism of GSSG reduced by the thioredoxin system
著者: Bao, R. / Zhang, Y.R. / Lou, X. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin-1
B: Thioredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0187
ポリマ－24,1152
非ポリマー9035
水2,378132
1
A: Thioredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4613
ポリマ－12,0581
非ポリマー4032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5574
ポリマ－12,0581
非ポリマー4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.530, 38.810, 41.700
Angle α, β, γ (deg.)72.91, 87.51, 60.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 103 / Label seq-ID: 7 - 109

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin-1 / Thioredoxin I / TR-I / Thioredoxin-2


分子量: 12057.748 Da / 分子数: 2 / 変異: C33S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRX1 / プラスミド: p28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22217
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 2.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.31 Å / Num. all: 17174 / Num. obs: 17174 / % possible obs: 92.73 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Mean I/σ(I) obs: 22.5 / Num. unique all: 2416 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FA4

2fa4


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.762 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1774 10.3 %RANDOM
Rwork0.18333 ---
all0.18716 15396 --
obs0.18716 15396 92.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20.25 Å20.23 Å2
2---0.22 Å2-0.37 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1611 0 55 132 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9842313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.325212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.46126.71470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15815285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3790.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5671.51089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85921701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8963696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0764.5610
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 778 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.370.5
medium thermal0.52
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 130 -
Rwork0.19 1095 -
obs--88.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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