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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f3c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LeuT bound to 4-Fluoro-L-Phenylalanine and sodium | ||||||
要素 | Transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / SLC6 / NSS / transmembrane / sodium-coupled / transporter / Symport / Transport | ||||||
機能・相同性 | Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / 4-FLUORO-L-PHENYLALANINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, S.K. / Piscitelli, C.L. / Yamashita, A. / Gouaux, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2008 タイトル: A competitive inhibitor traps LeuT in an open-to-out conformation. 著者: Singh, S.K. / Piscitelli, C.L. / Yamashita, A. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f3c.cif.gz | 115.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f3c.ent.gz | 89.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3f3c_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3f3c_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3f3c_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3f3c_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f3c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58077.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: snf, aq_2077 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: O67854 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PFF / | ||||
#3: 糖 | ChemComp-BOG / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 0.4M NaCl, 24-26% PEG-MME 550, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月17日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→62.3 Å / Num. obs: 33636 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 40.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2311 / % possible all: 64.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2A65 解像度: 2.1→47.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.748 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.192 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
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