PDB-3f39: Apoferritin: complex with phenol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f39

タイトル

Apoferritin: complex with phenol

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / 4-helix bundle / anesthetic / propofol analogue / phenol / Acetylation / Iron / Iron storage / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Vedula, L.S. / Economou, N.J. / Rossi, M.J. / Eckenhoff, R.G. / Loll, P.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: A unitary anesthetic binding site at high resolution.
著者: Vedula, L.S. / Brannigan, G. / Economou, N.J. / Xi, J. / Hall, M.A. / Liu, R. / Rossi, M.J. / Dailey, W.P. / Grasty, K.C. / Klein, M.L. / Eckenhoff, R.G. / Loll, P.J.

履歴

登録	2008年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f39.cif.gz	53.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f39.ent.gz	39.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f32C 3f33C 3f34C 3f35C 3f36C 3f37C 3f38C 1xz1S 1xz3 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rbc-d 2cih-1 7jgm-2 5ix6-1 2iu2-1 2z6m-1 6wyh-1 5lg2-1 6l58-1 7k3w-d 5jkl-1 3f32-1 6v21-d 1h96-1 7jgn-2 3es3-1 5n27-1 6iaf-1 4mn9-1 3f35-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (10) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
505 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.532, 181.532, 181.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1002- CD
2	1	A-1004- CD

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: spleen / 参照: UniProt: P02791
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル分子量: 94.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Cadmium sulfate, ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→20.97 Å / Num. all: 28612 / Num. obs: 28612 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 17.75 % / B_iso Wilson estimate: 37.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8.27 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2739 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0074	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
REFMAC	5.4.0074	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1XZ1

1xz1

解像度: 1.85→20.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.312 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21602	1147	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18386	-	-	-
obs	0.18546	21259	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.963 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1399	0	28	149	1576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.976	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.798	5	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.607	23.974	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.918	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.008	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.5	850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.88	2	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.369	3	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.724	4.5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.46	84	-
R_work	0.455	1498	-
obs	-	-	98.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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