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- PDB-3f2y: Crystal structure of the FMN riboswitch bound to FMN, Mn2+ soak. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f2y
タイトルCrystal structure of the FMN riboswitch bound to FMN, Mn2+ soak.
要素FMN riboswitch
キーワードRNA / FMN / riboswitch / transcription / manganese
機能・相同性FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Serganov, A.A. / Huang, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Coenzyme recognition and gene regulation by a flavin mononucleotide riboswitch.
著者: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J.
履歴
登録2008年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: FMN riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,47319
ポリマ－36,4511
非ポリマー1,02218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.988, 70.988, 140.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 FMN riboswitch


分子量: 36451.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcribed RNA from the Fusobacterium nucleatum impX gene.
参照: GenBank: 20095250
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 MES-Na pH 6.5 10% PEG 4000 0.1 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES-Na11
2PEG400011
3MgCl211
4MES-Na12
5PEG400012
6MgCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 7144 / Num. obs: 7108 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 39.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 687 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F2Q

3f2q


解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 40.487 / SU ML: 0.347 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23721 329 4.6 %RANDOM
Rwork0.19179 ---
all0.1938 6783 --
obs0.1938 6750 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 109.237 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.59 Å2-1.8 Å20 Å2
2---3.59 Å20 Å2
3---5.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.347 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2353 48 0 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0212671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.01934155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1420.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2720.21602
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.268
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0550.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.54332853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9534.54155
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 27 -
Rwork0.258 444 -
obs-471 94.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.971-1.10080.41611.6233-0.20632.10650.10490.3215-2.6678-0.10530.09720.72310.1642-0.6827-0.2021-0.2509-0.0831-0.00970.14170.07690.603518.69929.95215.402
26.4511-1.4805-0.55470.890.17236.06680.13920.486-0.3063-0.0326-0.1188-0.0642-0.36920.7227-0.0204-0.4059-0.08160.0253-0.0196-0.0675-0.149944.92242.3449.124
34.5974-0.48441.76925.6413-1.77121.96-0.0259-0.5927-0.15610.74510.20920.4054-0.5424-0.5455-0.1833-0.21310.12930.1317-0.04760.0328-0.191817.43547.14117.479
46.5487-1.35675.02461.2035-2.26845.48860.3544-1.5849-1.26032.4722-2.6954.2408-1.71780.93992.34060.8646-0.44710.43090.36480.86440.459822.42533.60235.028
57.6823-2.3433.13693.6974-0.99273.4632-0.5085-0.62670.70680.75670.33220.3296-1.0073-0.4120.17620.13470.10020.0733-0.1175-0.0795-0.022422.32660.00714.911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION1X85 - 112
3X-RAY DIFFRACTION2X10 - 30
4X-RAY DIFFRACTION3X31 - 48
5X-RAY DIFFRACTION4X49 - 60
6X-RAY DIFFRACTION5X61 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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