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万見
- PDB-3f27: Structure of Sox17 Bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f27
タイトルStructure of Sox17 Bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DCP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DGP*DAP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DGP*DG)-3')
  • Transcription factor SOX-17
キーワードTranscription/dna / protein-DNA complex / HMG domain / endodermal / Activator / DNA-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Transcription-dna COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiogenic plate morphogenesis / endodermal cell fate determination / regulation of cardiac cell fate specification / stem cell fate specification / endocardium formation / common bile duct development / endodermal digestive tract morphogenesis / ureter development / gallbladder development / inner cell mass cellular morphogenesis ...cardiogenic plate morphogenesis / endodermal cell fate determination / regulation of cardiac cell fate specification / stem cell fate specification / endocardium formation / common bile duct development / endodermal digestive tract morphogenesis / ureter development / gallbladder development / inner cell mass cellular morphogenesis / cardiac cell fate determination / endodermal cell fate specification / regulation of stem cell division / cell migration involved in gastrulation / endoderm formation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / rostrocaudal neural tube patterning / endocardial cell differentiation / positive regulation of endodermal cell differentiation / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic foregut morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / endoderm development / signal transduction involved in regulation of gene expression / metanephros development / embryonic heart tube development / embryonic heart tube morphogenesis / response to alkaloid / negative regulation of Wnt signaling pathway / heart looping / endodermal cell differentiation / regulation of cell differentiation / outflow tract morphogenesis / regulation of embryonic development / anatomical structure morphogenesis / vasculogenesis / embryonic organ development / gastrulation / cellular response to leukemia inhibitory factor / stem cell differentiation / protein destabilization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / Wnt signaling pathway / beta-catenin binding / positive regulation of protein catabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / gene expression / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sox, C-terminal / Sox 7/17/18, central domain / Sox 17/18 central domain / Sox C-terminal domain profile. / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain ...Sox, C-terminal / Sox 7/17/18, central domain / Sox 17/18 central domain / Sox C-terminal domain profile. / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor SOX-17
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Palasingam, P. / Jauch, R. / Ng, C.K.L. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Structure of Sox17 Bound to DNA Reveals a Conserved Bending Topology but Selective Protein Interaction Platforms
著者: Palasingam, P. / Jauch, R. / Ng, C.K.L. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2008年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DGP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DCP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DGP*DAP*DC)-3')
D: Transcription factor SOX-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8813
ポリマ－19,8813
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.753, 68.753, 66.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DGP*DG)-3')


分子量: 4871.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Lama1 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DCP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DGP*DAP*DC)-3')


分子量: 4925.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Lama1 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Transcription factor SOX-17


分子量: 10084.687 Da / 分子数: 1 / Fragment: HMG box, residues 66-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sox-17, Sox17 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61473

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 30% PEG 3350, 0.2M MGCL2, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2MgCl211
3PEG 335012
4MgCl212

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Platinum
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→66.33 Å / Num. obs: 4970 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.86 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 22.75
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.75

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GT0

1gt0


解像度: 2.75→20.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 32.153 / SU ML: 0.305 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 228 4.6 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.243 4703 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.14 Å2 / Biso mean: 25.696 Å2 / Biso min: 9.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å21.13 Å20 Å2
2--2.25 Å20 Å2
3----3.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数633 650 0 0 1283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8612.5421988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.808573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73521.94436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.17315128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.491510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5621.5386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0042599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26231330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9774.51389
LS精密化 シェル解像度: 2.751→2.822 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 24 -
Rwork0.253 328 -
all-352 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35041.6149-1.35065.38480.85535.44750.00690.26-0.8129-0.4882-0.1643-1.23460.38370.62070.15740.03830.19020.1510.25460.14230.379225.0085-11.5796-1.7137
24.82031.9245-2.47665.827-1.59734.1348-0.0770.5033-0.1479-0.4991-0.2235-0.24880.1549-0.38180.3005-0.04390.11130.0220.26930.0628-0.072113.1432-4.6958-0.9446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION2D67 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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