PDB-3f0n: Mus Musculus Mevalonate Pyrophosphate Decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f0n

タイトル

Mus Musculus Mevalonate Pyrophosphate Decarboxylase

要素

MEVALONATE PYROPHOSPHATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / STEROID BIOSYNTHESIS / STEROL BIOSYNTHESIS / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Cholesterol biosynthesis / Synthesis of Dolichyl-phosphate / diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / cholesterol biosynthetic process / peroxisomal matrix / Hsp70 protein binding / peroxisome / positive regulation of cell population proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Davis, T. / Vesterberg, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Mus Musculus Mevalonate Pyrophosphate Decarboxylase
著者: Walker, J.R. / Davis, T. / Vesterberg, A. / Li, Y. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2008年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3f0n_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
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CIF形式データ	3f0n_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1fi4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6n10-1 6wet-1 5gz4-d 2j7k-d 3n6s-d 6weu-2 6wev-2 4ebb-4 6wfj-2 3msv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MEVALONATE PYROPHOSPHATE DECARBOXYLASE

B: MEVALONATE PYROPHOSPHATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

91.8 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.619, 139.619, 88.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	MEVALONATE PYROPHOSPHATE DECARBOXYLASE / DIPHOSPHOMEVALONATE DECARBOXYLASE 分子量: 45811.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MVD / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)V2R / 参照: UniProt: Q99JF5, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 17 MG/ML PROTEIN, 20% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月4日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 69315 / Num. obs: 69315 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.12
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 6822 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0063	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FI4

1fi4

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 6.369 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2209	3499	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18171	-	-	-
obs	0.18369	65736	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5900	0	10	443	6353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	1.952	8218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.773	5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.689	23.84	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.3	15	967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.345	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.662	1.5	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.141	2	6189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2	3	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.256	4.5	2029

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	245	-
R_work	0.247	4758	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9323	-0.5276	1.168	0.6111	-0.1137	2.657	-0.1433	-0.0538	0.0976	0.0835	0.0778	-0.0078	-0.1194	0.178	0.0655	0.0756	0.023	-0.0379	0.1626	-0.0649	0.1196	49.4109	-1.319	23.9366
2	0.4105	-0.3886	-0.0493	0.8129	0.3672	1.8939	-0.0781	-0.144	0.0124	0.0103	0.1396	-0.0165	0.0353	0.0244	-0.0616	0.0434	0.0358	-0.0237	0.1219	-0.0424	0.0937	48.4628	-4.3935	23.0526
3	4.1673	-3.2212	2.4893	9.7243	-5.0951	6.0071	-0.2157	-0.4568	-0.2338	0.5296	0.1674	0.0413	0.08	-0.0928	0.0482	0.2031	0.0772	0.0562	0.2528	-0.0355	0.0703	45.4868	-10.8042	47.1061
4	1.7407	-0.3721	-0.9602	1.4166	2.6014	4.8385	0.0659	-0.0494	-0.2836	0.4484	-0.1567	0.0198	0.835	-0.3387	0.0908	0.3783	-0.0298	-0.0024	0.2959	0.0877	0.0683	40.113	-18.6425	41.1077
5	10.0957	0.9952	3.4338	3.4368	-0.2083	4.0124	-0.0135	0.0017	-0.3716	-0.0707	0.0394	-0.24	0.3616	0.1441	-0.0259	0.2147	0.0597	0.0084	0.1893	-0.0029	0.1224	55.6355	-18.1259	37.3106
6	6.2401	-3.3341	3.035	4.8916	-0.2388	2.1172	0.2313	-0.2343	-0.168	0.3431	-0.0171	-0.2313	0.4093	-0.1536	-0.2142	0.4383	0.1831	0.0152	0.275	0.0582	0.0515	50.7327	-16.2146	47.5474
7	10.5799	-0.3548	9.6227	0.0162	-0.3208	8.7552	0.4945	-0.1249	-0.6277	-0.0078	0.0295	0.0564	0.4352	-0.1405	-0.524	0.1567	0.0617	0.0384	0.3998	-0.084	0.3702	36.1163	-2.9447	31.138
8	2.7417	-0.092	1.0945	0.5488	0.22	6.5134	-0.2171	-0.1835	-0.2326	0.323	0.1775	-0.0284	0.206	0.2288	0.0396	0.2116	0.1396	-0.015	0.1697	-0.04	0.0595	53.7449	-9.0014	38.5491
9	0.6626	-1.348	0.2141	3.2836	-0.2311	0.7599	-0.1773	-0.1757	0.0563	0.1622	0.2766	-0.1259	0.1149	0.0569	-0.0993	0.1894	0.105	-0.0381	0.1859	-0.0688	0.0629	51.859	-5.2133	28.742
10	4.2984	-1.3328	-0.6181	4.4884	0.2164	3.8287	-0.0708	-0.0345	0.1185	0.1096	0.2202	-0.5338	0.1565	0.5129	-0.1494	0.0463	0.0709	-0.0434	0.163	-0.0934	0.129	59.9408	-8.2071	22.9113
11	3.6061	0.1811	1.2643	0.8123	-0.4054	0.7438	-0.1131	-0.1034	0.1523	0.0998	0.0789	-0.0248	-0.106	-0.0285	0.0343	0.1008	0.029	-0.0478	0.1328	-0.1061	0.1068	48.3373	11.8	27.6796
12	3.6743	-3.5808	-1.7155	9.6734	3.9129	1.6147	-0.2051	-0.1645	-0.4399	-0.1234	-0.1766	0.9555	-0.0224	-0.0553	0.3817	0.1139	0.0077	-0.0021	0.2771	0.0302	0.1844	30.3847	-5.6222	20.7462
13	2.025	0.7671	-0.2235	1.8817	-0.1571	1.4339	-0.0331	-0.0392	-0.0784	-0.1851	0.0711	-0.0669	0.2018	0.0499	-0.038	0.0828	0.011	-0.0225	0.0859	-0.0327	0.0813	47.8889	-10.2323	9.6994
14	0.7544	0.2924	0.3582	1.0571	0.3832	0.8013	-0.0194	-0.0723	0.0631	-0.0852	0.0297	-0.0574	-0.0473	0.0371	-0.0103	0.0587	0.0003	-0.0199	0.086	-0.0374	0.0904	44.3245	2.8133	12.964
15	3.5855	1.3483	-1.7496	5.4529	-1.4608	2.805	-0.026	0.0385	0.2005	-0.1692	-0.0416	0.154	-0.1939	-0.1309	0.0676	0.093	0.0257	-0.0681	0.0896	-0.0477	0.1273	34.1991	15.383	11.6936
16	1.0333	0.0754	0.3024	1.5509	0.3155	0.944	-0.0967	-0.1132	0.152	0.1198	0.0609	0.0298	-0.0851	-0.0112	0.0358	0.0646	0.0284	-0.0335	0.1079	-0.0652	0.1131	37.1323	11.857	20.2211
17	9.2941	-0.8054	3.1156	1.2774	-2.6184	5.6177	-0.2156	-0.7883	0.2731	0.2426	0.2687	0.0364	-0.4936	-0.6274	-0.0531	0.112	0.1223	-0.0189	0.2046	-0.1125	0.1751	24.3919	12.4049	24.9778
18	3.1004	-0.6656	-1.4648	4.0003	0.1559	0.7474	-0.0264	0.2016	0.2515	-0.1713	0.074	0.4322	-0.0881	-0.2022	-0.0476	0.2716	0.2276	-0.2057	0.2313	-0.1445	0.2404	26.6915	19.6128	18.7473
19	0.4198	-0.5348	0.538	1.2338	-0.2249	1.5228	-0.2042	-0.2762	0.0466	0.4382	0.1958	0.0567	0.0172	-0.299	0.0083	0.2067	0.1124	-0.0108	0.3288	-0.1011	0.0882	39.985	2.3856	39.4536
20	10.4438	4.7818	3.1783	3.6411	5.2769	11.2625	-0.1287	-0.4466	0.0091	0.1337	-0.1144	0.1439	0.2969	-0.1481	0.2431	0.41	0.0499	0.1381	0.4621	0.0741	0.1193	37.8354	-13.2685	52.9678
21	1.2354	0.3404	0.709	0.5697	0.2772	1.0631	-0.0392	0.1021	0.1439	-0.112	-0.0317	0.1123	-0.206	-0.0212	0.0709	0.1125	0.0126	-0.0258	0.0798	-0.0151	0.1099	27.7446	-0.5071	-20.3084
22	8.113	-1.1312	0.5025	3.4894	0.595	0.1662	-0.1696	-0.1086	0.4946	0.0916	0.0609	0.2642	-0.018	0.0006	0.1087	0.2069	0.0289	-0.0633	0.016	0.0016	0.2073	23.2388	12.5777	-21.7646
23	3.2477	-2.1642	-1.3025	2.7141	1.1405	6.6145	0.3493	0.3637	0.55	-0.4223	-0.213	-0.8328	-0.4926	0.2438	-0.1363	0.2655	0.0113	0.0509	0.2181	0.0355	0.3003	34.2898	7.7227	-33.2867
24	10.4316	-11.5191	-4.6747	12.8006	5.12	2.256	0.7534	-0.0956	0.2399	-1.1583	-0.1625	-0.1648	-0.4905	0.2153	-0.5909	0.8729	-0.0387	0.084	0.5894	-0.224	0.8707	27.9065	10.0944	-39.0449
25	3.7622	-3.4212	-0.3329	7.3959	-1.0441	0.4614	0.1508	-0.4119	0.1545	0.8238	-0.0041	0.4608	-0.3314	0.1745	-0.1467	0.32	-0.0913	0.0203	0.1491	-0.0418	0.2455	19.0745	2.6291	-18.2541
26	3.9825	0.097	1.7906	1.1349	-0.2355	2.6238	0.0268	0.3112	0.0722	-0.1706	-0.0418	0.0318	-0.1849	0.1835	0.015	0.1194	0.0039	-0.0308	0.084	-0.0019	0.0966	30.0294	0.6276	-26.5745
27	0.8136	1.3315	0.0812	2.2523	0.3886	1.0805	-0.0286	0.0377	-0.149	-0.1021	0.0634	-0.2268	-0.0781	0.0436	-0.0348	0.1046	0.0091	-0.0271	0.1024	-0.0212	0.1144	33.8914	-9.1941	-19.5523
28	1.3383	1.2938	0.109	2.7719	0.0242	1.139	-0.0354	0.1185	-0.1831	-0.2261	-0.0034	-0.1985	-0.0288	0.1514	0.0387	0.0758	-0.0082	-0.0157	0.0987	-0.0273	0.0881	37.359	-11.2611	-21.3593
29	1.3556	0.2751	0.1529	2.7203	1.4392	1.6955	-0.075	-0.1138	0.1933	0.0228	0.0214	0.0995	-0.0583	-0.1372	0.0536	0.0786	0.007	-0.0484	0.1046	-0.0359	0.1094	21.9058	-6.7269	-3.3368
30	1.0982	-0.6022	0.4277	2.8052	0.2169	1.86	-0.0338	0.0686	0.0937	-0.0707	0.0007	-0.1722	-0.1983	0.1537	0.0331	0.0774	-0.0314	-0.0202	0.0726	-0.0152	0.0918	43.4776	1.5053	-3.7736
31	1.2357	1.7925	1.6723	4.3761	1.4105	2.8461	0.0886	0.0644	-0.1174	0.0292	-0.0061	-0.2955	0.1853	0.1551	-0.0825	0.0798	0.0435	-0.0204	0.0976	-0.0279	0.1398	41.7499	-17.8174	-10.5194
32	1.4098	0.7475	0.0589	4.022	2.2203	2.7367	0.0841	-0.0592	-0.1622	0.085	-0.0388	-0.0398	0.2584	0.0134	-0.0453	0.0933	-0.0026	-0.0467	0.0745	-0.0105	0.0971	34.7973	-19.1308	-5.4325
33	0.8847	-0.0193	0.3462	1.4112	0.372	0.6637	0.0172	-0.1029	0.0497	-0.0548	-0.0427	0.0308	-0.053	-0.1076	0.0255	0.0879	0.0005	-0.0294	0.0821	-0.0302	0.0893	37.3152	1.1331	2.3111
34	0.9227	-0.4603	0.0578	9.8233	0.608	1.3968	0.0701	-0.1596	-0.0405	0.2187	-0.1092	0.0773	0.1889	-0.1686	0.0391	0.0769	-0.0485	-0.026	0.1074	-0.0166	0.065	25.6936	-14.9685	6.9654
35	0.3418	0.1794	0.3846	0.4142	0.8637	1.8721	0.0297	-0.022	-0.0209	-0.0273	-0.0573	0.0441	0.0114	-0.1302	0.0276	0.0921	-0.0206	-0.0358	0.0847	-0.0247	0.1161	27.1116	-11.1171	-1.4837
36	4.3681	0.3007	-1.6564	1.6369	0.826	2.096	0.0771	-0.0459	0.0386	-0.0006	-0.031	0.1681	0.3253	-0.294	-0.0461	0.146	-0.1057	-0.0501	0.1312	0.0004	0.0999	18.5026	-19.9182	-1.1438
37	0.7674	-0.4561	1.7882	2.8871	-0.2024	7.0037	0.1361	-0.3069	-0.0102	-0.0331	-0.2001	0.3633	0.0203	-0.9043	0.064	0.0635	-0.0692	0.0233	0.2545	-0.0852	0.1279	10.7484	-15.6547	0.1077
38	3.6503	-0.2489	-0.0384	6.038	-0.7012	3.8969	0.3521	-1.6594	0.2275	1.2906	-0.3997	0.2765	0.3428	-0.5043	0.0477	0.3866	-0.3484	0.0962	0.887	-0.1402	0.0345	16.4571	-18.8366	12.0884
39	0.2632	0.0577	0.5771	0.3139	-0.4256	2.3085	-0.0418	-0.0962	0.0982	-0.047	-0.0346	0.1009	-0.0243	-0.2423	0.0764	0.0732	0.0132	-0.0516	0.1273	-0.0515	0.1326	17.7919	-9.807	-15.0083
40	2.8214	0.2375	0.0734	9.2481	2.1999	3.7533	0.0441	0.1269	0.0644	0.0408	-0.1554	0.602	0.064	-0.5172	0.1113	0.1533	0.0487	-0.0589	0.1891	-0.0167	0.2238	9.8119	4.3579	-29.7617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-3 - 17	11 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	18 - 48	32 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	49 - 59	63 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	60 - 78	74 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	79 - 92	93 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	100 - 116	114 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	117 - 128	131 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	129 - 152	143 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	153 - 168	167 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	169 - 184	183 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	185 - 200	199 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	201 - 211	215 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	212 - 234	226 - 248
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	235 - 282	249 - 296
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	283 - 297	297 - 311
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	298 - 326	312 - 340
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	327 - 341	341 - 355
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	342 - 364	356 - 378
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	365 - 391	379 - 405
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	392 - 397	406 - 411
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	7 - 62	21 - 76
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	63 - 83	77 - 97
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	84 - 91	98 - 105
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	92 - 110	106 - 124
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	111 - 128	125 - 142
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	129 - 160	143 - 174
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	161 - 171	175 - 185
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	172 - 193	186 - 207
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	194 - 209	208 - 223
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	210 - 232	224 - 246
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	233 - 244	247 - 258
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	245 - 261	259 - 275
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	262 - 276	276 - 290
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	277 - 297	291 - 311
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	298 - 311	312 - 325
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	312 - 328	326 - 342
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	B	329 - 351	343 - 365
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	B	352 - 365	366 - 379
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	B	366 - 383	380 - 397
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	B	384 - 397	398 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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